Фамилия Ишимов восходит к слову Ишим. Скорее всего, она образована от географического названия Ишим. Так называется протекающая в России и Казахстане река, левый приток Иртыша и расположенный на берегу этой реки город в Тюменской области.
Само название Ишим, скорее всего, происходит от мордовского корня «виш» («малая») с помощью суффикса «-им» (-овка) и, таким образом, переводится как Маловка. В татарской языковой среде мягкий начальный звук «в» со временем был утрачен как чуждый нормам татарской речи. Так название Вишим адаптировалось под распространенное тюркское мужское имя Ишим. Из однофамильцев знаменита русская писательница Александра Осиповна Ишимова (1804-1881), писавшая рассказы для детей, представляющие большей частью переложения исторических сочинений.