В 1913 году в состав уезда входило 19 волостей[3]:
По данным на 1 января 1926 года уезд делился на 6 волостей, которые в свою очередь делились на 33 сельсовета (с/с):
- Кяндская волость. Центр — село Кянда. 5 с/с
- Онежская волость. Центр — город Онега. 5 с/с
- Плесецкая волость. Центр — село Наволок. 5 с/с
- Поморская волость. Центр — село Малошуйка. 6 с/с
- Турчасовская волость. Центр — село Турчасово. 5 с/с
- Чекуевская волость. Центр — село Чекуево. 7 с/с