В начале XIX века в Шенкурском уезде из 46 удельных волостей были образованы шесть удельных приказов: Благовещенский, Великониколаевский, Кургоминский, Предтеченский, Усть-Важский и Усть-Паденьгский, включённые в Архангельское удельное имение. В шести удельных приказах находилось 1018 селений, в которых было 6511 дворов, а ещё в 276 селениях уезда с 752 дворами проживали государственные крестьяне. В 1863 году удельные приказы были упразднены, а уезд снова стал делиться на волости.
В 1913 году в состав уезда входило 18 волостей:
- Благовещенская — д. Игнатьевская.
- Великониколаевская — д. Ивановская.
- Верхопаденгская — д. Лосевская.
- Верхосуландская — д. Каменная.
- Власьевская — д. Власьевская.
- Кицко-Воскресенская — с. Горличевское.
- Кургоминская — с. Яковлевское.
- Липовская — д. Малая Липовка.
- Предтеченская — с. Шеговары.
- Ровдинская — с. Никинское.
- Ростовская — д. Игнатьевская.
- Смотроковская — д. Олешевская.
- Тарнянская — д. Рыбогорская.
- Усть-Важская — с. Семёновское.
- Усть-Паденгская — д. Усть-Паденьга.
- Усть-Сюмская — д. Усть-Сюм.
- Шахановская — д. Шахановская.
- Ямскогорская — д. Пигнеевская.
Постановлением ВЦИК «Об административном делении Архангельской губернии» от 9 июня 1924 года Борецкая и Топецкая волости вошли в состав Кургоминской волости, а Кицкая волость — в состав Шеговарской волости.
По данным на 1 января 1926 года уезд делился на 13 волостей, которые в свою очередь делились на 62 сельсовета (с/с):
- Благовещенская волость. Центр — село Благовещенское. 3 с/с
- Великониколаевская волость. Центр — деревня Сидельниковская. 5 с/с
- Верхопаденская волость. Центр — село Ивановское. 5 с/с
- Власьевская волость. Центр — село Моржегоры. 5 с/с
- Кургоминская волость. Центр — деревня Большая Зиновьевская. 6 с/с
- Пуйская волость. Центр — село Долматово. 2 с/с
- Ровдинская волость. Центр — село Никинское. 5 с/с
- Ростовская волость. Центр — село Ростовское. 4 с/с
- Средне-Важская волость. Центр — город Шенкурск. 8 с/с
- Усть-Важская волость. Центр — село Семёновское. 6 с/с
- Устьпаденгская волость. Центр — село Устьпаденга. 3 с/с
- Шеговарская волость. Центр — село Шеговары. 7 с/с
- Ямскогорско-Верхоледская волость. Центр — деревня Токмишевская. 5 с/с
4 октября 1926 года вышло постановление ВЦИК об укрупнении волостей[6]. В Шенкурском уезде осталось 6 волостей:
- Кургоминская волость
- Паденьгская волость
- Пуйская волость
- Средневажская волость
- Усть-Важская волость
- Шеговарская волость
