В годы Великой Отечественной войны были утрачены многие фонды периода до 1917 года, которые представляли значительный интерес для исследователей. В частности среди них фонды церквей Екатеринославской и Харьковской губернии, которые находились на хранении в Сталинском областном архиве, Артемовском и Мариупольском исторических архивах. Ниже приведен список фондов религиозных учреждений по Сталинскому областному архиву (сегодня ГАДО) и его филиалам, утраченных в годы ВОв, с указанием места хранения, датировки и количества дел в фонде.
| Номер фонда | Наименование фонда | Датировка | Количество дел | Место хранения | Примечание |
| Ф-26 | Ольгинская церковь, с. Орехово, Славяносербский уезд, Екатеринославская губерния | 1899-1908 | 4 | Сталинский областной архив | |
| Ф-47 | Невская церковь, село Авдотьино, Бахмутский уезд, Екатеринославская губерния | 1896 | 1 | Артемовский исторический архив | |
| Ф-55 | Иоанно-Предтечинская церковь, село Новоселовка, Бахмутский уезд, Екатеринославская губерния | 1907 | 1 | Артемовский исторический архив | |
| Ф-56 | Николаевская церковь, село Рутченково, Бахмутский уезд, Екатеринославская губерния | 1907 | 1 | Артемовский исторический архив | |
| Ф-58 | Походная Ольгинская церковь 2-го района, с. Юзовка, Бахмутский уезд, Екатеринославская губерния | 1896 | 1 | Артемовский исторический архив | |
| Ф-59 | Александровская церковь при руднике Ветка, Бахмутский уезд, Екатеринославская губерния | 1907 | 2 | Артемовский исторический архив | |
| Ф-80 | Георгиевская церковь, село Александро-Шультино, Бахмутский уезд, Екатеринославская губерния | 1830-1918 | 21 | Артемовский исторический архив | Шульгино? |
| Ф-81 | Троицкая церковь, село Троицкое, Бахмутский уезд, Екатеринославская губерния | 1810-1861 | 6 | Артемовский исторический архив | |
| Ф-88 | Комитет по строительству церкви Кирила и Мефодия в пригороде Матросской слободки, г. Бердянск | 1904-1909 | 4 | Мариупольский исторический архив | |
| Ф-102 | Николаевская церковь Рутченковских рудников, Юзовский уезд | 1800-1897, 1920-1921 | 22 | Сталинский областной архив | |
| Ф-110 | Вознесенский собор, г. Бердянск | 1848-1862 | 13 | Мариупольский исторический архив | |
| Ф-116 | Николаевская церковь, село Новоселовка, Бахмутский уезд, Екатеринославская губерния | 1906 | 1 | Артемовский исторический архив | |
| Ф-118 | Екатеринославская духовная консистория, г. Мариуполь | 1846-1921 | 14 | Мариупольский исторический архив | |
| Ф-126 | Предтечинская церковь, село Ивановка, Бахмутский уезд, Екатеринославская губерния | 1801-1862 | 7 | Артемовский исторический архив | |
| Ф-128 | Акимовская церковь, село Некременное, Изюмский уезд, Харьковская губерния | 1845-1857 | 1 | Артемовский исторический архив | |
| Ф-131 | Георгиевская церковь, село Камышеваха, Бахмутский уезд, Екатеринославская губерния | 1822-1856 | 7 | Артемовский исторический архив | |
| Ф-132 | Георгиевская церковь, село Новоселовка, Изюмский уезд, Харьковская губерния | 1849-1916 | 16 | Артемовский исторический архив | |
| Ф-133 | Успенская церковь, село Ивановка, Славянский уезд, Екатеринославская губерния | 1800-1856 | 9 | Артемовский исторический архив | Видимо Славяносербский у. |
| Ф-134 | Стефановская церковь, село Стефановка, Изюмский уезд, Харьковская губерния | 1854-1870 | 2 | Артемовский исторический архив | |
| Ф-136 | Святогорская успенская пустынь, пос. Святогорск, Изюмский уезд, Харьковская губерния | 1855-1919 | 42 | Артемовский исторический архив | |
| Ф-138 | Хрисанфо-Дарьевская церковь, село Алисовка, Изюмский уезд, Харьковская губерния | 1844-1857 | 1 | Артемовский исторический архив | |
| Ф-141 | Петропавловская церковь, село Нижнее, Славянский уезд, Екатеринославская губерния | 1846-1852 | 1 | Артемовский исторический архив | Видимо Славяносербский у. |
| Ф-143 | Покровская церковь, село Селимовка, Изюмский уезд, Харьковская губерния | 1801-1917 | 16 | Артемовский исторический архив | |
| Ф-144 | Богородицкая церковь, село Михайловска, Изюмский уезд, Харьковская губерния | 1849-1857 | 1 | Артемовский исторический архив | |
| Ф-145 | Успенская церковь, село Александровка, Бахмутский уезд, Екатеринославская губерния | 1896 | 1 | Артемовский исторический архив | |
| Ф-160 | Изюмское духовное правление, город Изюм, Изюмский уезд, Харьковская губерния | 1817 | 4 | Артемовский исторический архив | |
| Ф-161 | Всесвятская церковь, город Бахмут, Бахмутский уезд, Екатеринославская губерния | 1844-1897 | 2 | Артемовский исторический архив | |
| Ф-162 | Николаевский молитвенный дом, село Веровка, Бахмутский уезд, Екатеринославская губерния | 1905 | 1 | Артемовский исторический архив | |
| Ф-164 | Рождество-Богородецкая церковь, город Бахмут, Бахмутский уезд, Екатеринославская губерния | 1805-1847 | 2 | Артемовский исторический архив | |
| Ф-165 | Благочинный 1-го округа, город Бахмут, Бахмутский уезд, Екатеринославская губерния | 1826-1918 | 37 | Артемовский исторический архив | |
| Ф-186 | Николаевская церковь, сл. Муратовка, Старобельский уезд, Харьковская губерния | 1865-1867 | 1 | Артемовский исторический архив | |
| Ф-187 | Иоанно-Предтечинская церковь, село Калиновское, Бахмутский уезд, Екатеринославская губерния | 1860-1875 | 6 | Артемовский исторический архив | |
| Ф-190 | Святоварваровская церковь, село Райское, Изюмский уезд, Харьковская губерния | 1844-1853 | 1 | Артемовский исторический архив |
