Начиная со второго, попечителями академии были московские главнокомандующие: сначала граф А. П. Тормасов, следующий — генерал-губернатор князь Д. В. Голицын и т. д.
Управление академией осуществлялось Советом, который избирался в основном из членов Общества любителей коммерческих знаний. Учебной работой руководил Главный смотритель (по уставу 1810 года), Инспектор (по уставу 1851 года) и Директор (по уставу 1898 года):
1810—1812: Кистер, Фёдор Иванович
1812—1815: Штраль, Филипп Осипович
1815—1816: Шлецер Христиан Августович
1817—1820: Веркмейстер, Дмитрий Афанасьевич
1820—1825: Мими, Григорий Дмитриевич
1825—1847: Шредер, Андрей Иванович
1847—1848: Поссельт, Конрад Фёдорович
1848—1857: Морошкин, Фёдор Лукич
1858—1864: Киттары, Модест Яковлевич
1864—1866: Сергиевский, Николай Александрович
1866—1896: Живаго, Иван Михайлович
1897—1906: Алексеев, Александр Семёнович
1906—1916: Реформатский, Александр Николаевич