Католицизм в Киргизии или Римско-Католическая Церковь в Киргизии является частью всемирной Католической Церкви. В настоящее время на территории всей Киргизии действует Апостольская администратура во главе с епископом Николаем Мессмером. Католические приходы обслуживают пять иезуитов, два епархиальных священника и пять монахинь. Большинство верующих составляют потомки ссыльных поволжских немцев, поляков и других европейских этнических групп, которые прибыли в Киргизию во время сталинских репрессий и после II Мировой войны.
Впервые представители католицизма появились на территории нынешней Киргизии в XIII—XIV веках. Распространение христианство шло в основном по Великому шёлковому пути. В 1320 — 30 гг. в Семиречье из Армалека (сегодня — Кульджа, Китай), где находилась кафедра католического епископа, вели активную деятельность католические миссионеры. В конце XIV века из-за притеснений исламских правителей католическая миссии постепенно затухла. В 1871 — 81 гг. территория нынешней Киргизии находилась в попечении епископа Кульджи. В 1897 году католики города Оша составляли 0,6 % всего населения города .
В начале XX века в Киргизию стали прибывать переселенцы из католических частей Российской империи. Первая католическая община в Киргизии была основана в селе Люксембург, состоявшая из переселившихся сюда переселенцев из немецкой части Поволжья и Оренбуржья. Во время I Мировой войны на территории Киргизии находились военнопленные из Германии и Австро-Венгрии. С 1921 года Киргизия входила в состав Апостольского викариата Сибири. В 30-х годах XX века и перед началом II Мировой войны в Киргизию стали прибывать ссыльные и репрессированные поволжские немцы, западные украинцы и белорусы. После II Мировой войны в Киргизии, где не было такого сильного наблюдения над бывшими репрессированными, какое было в Европейской части СССР, а также находились многочисленные национальные диаспоры стали селиться бывшие репрессированные поволжские немцы и иные представители репрессированных народов. В 50-х годах XX века на территории Киргизии действовали подпольные католические общины. В 1969 году была зарегистрирована первая католическая община в городе Фрунзе, которая в 1981 году насчитывала 533 человека.
После обретения Киргизией независимости в 1991 году католические общины Киргизии вошли в состав Апостольской администратуры Центральной Азии. В 1995 году католики Киргизии вошли в состав Апостольской администратуры Казахстана. В 1997 годуРимский папа Иоанн Павел II учредил в Киргизии автономную католическую миссию Sui iuris, которой руководили иезуиты. В 2006 году Святой Престол учредил в самостоятельную Апостольскую администратуру, епископом которой был назначен иезуит Николай Мессмер. В настоящее время на территории Киргизии действуют приходы в Бишкеке, Таласе и Джалал-Абаде. Также существуют многочисленные небольшие группы католиков в других населенных пунктах Киргизии.
9 апреля 1994 года были установлены дипломатические отношения между Ватиканом и Киргизией.
1 июня 2019 года римский папа Франциск учредил Апостольскую администратуру для католиков византийского обряда Казахстана и Средней Азии с центром в городе Караганда, которая распространяет свою юрисдикцию также и на территорию Киргизии. Её первым ординарием был назначен священник Васлий Говера.