Уезд был создан задолго до образования Томской губернии. В составе Томской губернии находился в период с 1804 по 1925 гг.
- Александровская волость, центр — село Александровское, Томский уезд (1911, 1924): не путать с одноимёнными волостями в других уездах Томской губернии: Барнаульском, Бийском, Змеиногорском, Кузнецком и Нарымском.
- Алексеевская волость, центр — село Алексеевское, Томский уезд (1911, 1914, 1916, 1921): не путать с одноимёнными волостями в других уездах Томской губернии: Барнаульском, Ново-Николаевском, Кузнецком, др.
- Амбарцевская волость, центр — село Амбарцево, Томский уезд (1899, 1913, 1924).
- Андарминская волость, Томский уезд (1921).
- Арлюковская волость (она же — Кереренская волость), Томский уезд (1917, 1920, 1922).
- Архангельская волость, центр — село Архангельское Томский уезд (1917) (территория совр. Первомайского района).
- Ачинская волость (она же: Подгородная волость), центр — селение Ачинское, Томский уезд (XVIII век и до 1822, до создания Ачинского уезда, который будет передан Енисейской губернии)
- Бабарыкинская волость (писали также: Боборыкинская и Бобарыкинская), центр — село Бабарыкинское, Томский уезд (1913).
- Барабинская волость, центр — село Барабинское, Томский уезд (1913, июнь 1917).
- Барышевская волость, центр — село Барышевское, Томский уезд (1916); Ново-Николаевский уезд (с 1917). С 1922 — «укрупнена» введением в состав Верх-Коенской волости.
- Бердская ясачная волость, центр — Бердский острог (ныне город Бердск), Томский разряд/Томский уезд. Впервые была создана со строительством острога в 1716 году (XVIII век).
- Богородская волость (одно время была известна как Шегарская волость), центр — село Богородское (Старая Шегарка), Томский уезд(1804, 1885, 1913, 1924).
- Боготольская волость, центр — посёлок-станция Боготол, Томский уезд (1885, 1890, 1899, 1913); Мариинский уезд (1920—1924). В 1924 будет передана Ачинскому уезду соседней Енисейской губернии; основа современного Ачинского района Красноярского края.
- Болотнинская волость (Болотинская волость), центр — село Болотное, Томский уезд (1913, 1920, 1924) (территория от Ояш до Болотного была в составе Ояшкинской волости до 1909, затем восточнее Ояша формируется Гондатьевская волость, которая в середине 1920-х будет называться укрупнённой Болотнинской волостью — с ноября 1920).
- Бугринская волость, центр — село Бугринское, Томский уезд (1895—1925). Ныне территория этой и соседних волостей является территорией левобережной половины города Новосибирска.
- Варгатёрская волость, центр — село Варгатёр, до 1922 — Томский уезд (1916, 1921), затем, с 1922, — в составе Нармыского уезда.
- Варюхинская волость, центр — село Варюхина, Томский уезд (1913, 1922).
- Васюганская волость, центр — село Васюган, до 1922 — Томский уезд (1916, 1921), затем, с 1922, — в составе Нармыского уезда.
- Вознесенская волость, Томский уезд (1921). Ныне территория этой и соседних волостей является территорией левобережной половины городаНовосибирска. Внимание! Не путать данную волость с одноимёнными волостями губернии в Барнаульском и Каинском (затем — Татарском) уездах.
- Вороновская волость, центр — село Вороново, Томский уезд (1911, 1923) (ныне территория Кожевниковского района).
- Вороно-Пашенская волость, центр — село Вороно-Пашенское, Томский уезд (1918, 1923).
- Вьюнская волость, Томский уезд (1898, 1907). Будет объединена с Пихтовской волостью
- Гондатьевская волость, центр — село/станция Болотная, Томский уезд (существовала в период 1909—1923 гг., переименована в Болотнинскую (Болотинскую) волость).
- Горевская волость, Томский уезд (1911).
- Гутовская волость (ныне здесь территории юго-востока Мошковского района и северо-запада Тогучинского района), , центр — село Гутовское, Томский уезд (1911, затем до 1925 — в составе Кузнецкого уезда).
- Дмитриевская волость, Томский уезд (1885).
- Екатерининская волость, Томский, затем Каинский, затем Ново-Николаевский уезды (1917, 1924): не путать с одноимённой волостьюБарнаульского уезда Томской губернии. В дальнейшем войдёт в состав будущего Коченёвского района.
- Елгайская волость, центр — село Елгайское, Томский уезд (1901, 1913, 1920).
- Емельяновская волость, центр — село Емельяновское, Томский уезд (1920, 1924).
- Зачулымская укрупнённая волость (район), центр — село Пышкино-Троицкое, Томский уезд, 1923—1925.
- Зоркальцевская волость, центр — село Зоркальцевское, Томский уезд (1913, 1924).
- Иксинская волость, Томский уезд (1921).
- Инкинская волость, центр — село Инкино, Томский уезд (1913).
- Ишимская волость, центр — село Ишимское (Ишим), Томский уезд (1901, 1913, 1924).
- Иштанская волость, центр — село Иштан, Томский уезд (1898, 1916).
- Казырбакская волость, Томский уезд (1899); в 1920 и 1923 году упоминалась как Козырбакская волость.
- Каргасокская волость, центр — село Каргасок, до 1922 — Томский уезд (1916, 1921), затем, с 1922, — в составе Нармыского уезда.
- Кайлинская волость, центр — село Кайлы, Томский уезд (1863, 1885, 1898, 1911).
- Каменская волость, центр — село Каменка, Томский уезд (1911, 1913): не путать с одноимённой волостью Барнаульского уезда.
- Каргалинская волость, центр — село Каргалинское (бассейн реки Иртыш), Томский уезд (1917). Волость исторически известна как административно-территориальная единица Тарского уезда Тобольской губернии (до 1917), затем была в составе Томской губернии (западная часть Томского уезда, 1917), Акмолинской области (1917—1918); Ишимского уезда Тобольской губернии (1918—1919), Тюменской губернии (1919), Омской губернии (1919), Тюменской губернии (1920—1923). Краткая информация в Википедии по данной территории: Каргалинская волость (Тарский уезд).
- Карпысакская волость (встречалось написание наименования как Корпысакская или Карпысацкая волость), с центром в селе Карпысак(ныне территория Мироновского сельсовета Тогучинского района Новосибирской области — 45 км восточнее Новосибирска); Томский уезд (1912), затем — Ново-Николаевский уезд (1917—1925).
- Кетская волость (впоследствии — разделена на западную, нижнекетскую Колпашевскую волость и у Обь-Енисейского канала — собственно Кетскую (Верхнекетскую) волость), центр — посёлок Кетск, сначала входила в состав Томского разряда (Томского уезда) (XVII век), затем — Нарымский край и Томский уезд (1913), Нарымский уезд (1923). Впервые, как ясачная, Кетская волость, появилась со строительством Кетского острога в 1596.
- Кийская волость, Томский уезд (1885); Ново-Николаевский уезд (1920).
- Киряковская волость (ныне Болотнинский район), Томский уезд.
- Кияйская волость, центр — село Кияйское, Томский уезд (XVIII век и до 1822, до создания Ачинского уезда Енисейской губернии).
- Кожевниковская волость, центр — село Кожевниковское, Томский уезд (1911, 1922).
- Колыванская волость / Колыванская укрупнённая волость (район), центр — город Колывань; Томский уезд (1885, 1915), Новониколаевский уезд (1924). Ныне — Колыванский район Новосибирской области.
- Краснореченская волость, центр — село Краснореченское, Томский уезд (XVIII век и до 1822, до создания Ачинского уезда Енисейской губернии).
- Кривошеинская укрупнённая волость (район), центр — село Кривошеино, Томский уезд, 1923—1925.
- Кривощёковская волость (впоследствии — Ново-Николаевская волость), Томский уезд (1869, 1885, 1895, 1911).
- Кульманская волость (Кульмановская волость), центр — село Кульманы, Томский уезд (1915, 1924).
- Литвиновская волость, Томский уезд (1911).
- Мало-Карюковская волость, (писали также: Малокарюковская волость, Малокорюковская волость и Мало-Корюковская волость), Томский/Ново-Николаевский уезды; сначала Томской (1912), затем Новониколаевской губерний (1920).
- Мануйловская волость (ныне Болотнинский район), Томский уезд.
- Миргородская волость, Томский уезд (1916); Каинский уезд/Ново-Николаевский уезд (1917).
- Митрофановская волость, центр — село Митрофановка, Томский уезд (1918, 1920).
- Молчановская волость, центр — село Молчаново, Томский уезд (1913, 1923).
- Монастырская волость, центр — село Монастырское, Томский уезд (1913, 1922).
- Нарымская ясачная волость, сначала Томский разряд/Томский уезд, затем, с 1922 — Нарымский уезд (XVI и XVII вв., 1899): не путать содноимённой волостью в Змеиногорском уезде губернии.
- Нелюбинская волость, центр — село Нелюбино, Томский уезд (1885, 1913, 1924).
- Николаевская волость, центр — село Николаевское, Томский уезд (1885, 1901, 1913, 1922): не путать с одноимёнными волостями Томской губернии в Барнаульском, Змеиногорском и Кузнецком уездах.
- Никольская волость (Томский уезд), центр — село Дубровино. Волость упоминается в сводках Томского губвоенкомата в июле 1920 года как территория бывшей западной части 1-й Алексеевской волости, в частности, от Дубровино до Ново-Николаевска.
- Ново-Александровская волость (Новоалександровская волость), центр — посёлок Ново-Александровский, Томский уезд (1913, 1920, 1924).
- Ново-Кусковская волость (Новокусковская волость), центр — село Ново-Кусковское, Томский уезд (1894, 1913, 1923).
- Ново-Николаевская волость (Ново-Николаевский уезд) (Новониколаевская волость), центр — село Ново-Николаевское / пос. Ново-Николаевский (ныне — Новосибирск), Томский уезд (1905) / с 1921 — Ново-Николаевский уезд (центр — город Ново-Николаевск).
- Ново-Николаевская волость (Томский уезд) (Новониколаевская волость), центр — село Ново-Николаевское (ныне Володино), Томский уезд (1923).
- Ново-Никольская волость (Новоникольская волость), центр — село Ново-Никольское, до 1922 — Томский уезд (1898, 1913), затем, с 1922, — в составе Нармыского уезда.
- Ново-Рождественская волость (Новорождественская волость), центр — село Ново-Рождественское, Томский уезд (1920—1924, укрупнена в состав Ишимской укрупнённой волости).
- Ново-Тарышкинская волость (Новотарышкинская), Томский уезд (1911); Ново-Николаевский уезд (1917, 1924). Она же — Ново-Тырышкинская (Новотырышкинская волость).
- Новосёловская волость, центр — с. Новосёлово, Томский уезд, (1783, 1807), затем перейдёт в состав Енисейского уезда
- Ояшкинская волость, центр — село Ояш, Томский уезд (1830, 1901, 1913); с 1917 — в составе Ново-Николаевского уезда (1920).
- Панкрушихинская волость, центр — село Панкрушихинское, Томский уезд (1913).
- Парабельская волость, центр — село Парабельское, Томский уезд (с XVIII века по 1931), Нарымский уезд (с 1922).
- Парбигская волость, центр — село Парбиг, Томский уезд (1913, 1924).
- Пачинская волость, центр — село Пачинское, Томский уезд (1911).
- Петропавловская волость (Петро-Павловская волость), центр — село Петропавловское, Томский уезд (1913, 1924): не путать с одноимёнными волостями Томской губернии в Барнаульском и Бийском уездах.
- Петуховская волость, центр — село Петухово, Томский уезд (1913, 1924).
- Пихтовская волость, адм. центр находился то в селе Пихтовка, то в городе Колывань, Томский уезд (1898, 1924).
- Подгородная волость (она же — Ачинская волость), центр — село Ачинское, Томский уезд.
- Поломошинская волость, центр — село Поломошинское, Томский уезд (1913, 1923).
- Поперечинская волость, центр — село Поперечинское, Томский уезд (1920, 1924).
- Прокудская волость, Томский уезд (1911), Ново-Николаевский уезд (1920).
- Проскоковская волость, центр — село Проскоково, Томский уезд (1916, 1920).
- Пышкино-Каргачиная волость, центр — село Пышкинское (Пышкино-Троицкое), Томский уезд (1720, 1726).
- Рождественская волость, центр — село Рождественское Томский уезд (1918) (территория совр. Первомайского района).
- Романовская волость, Томский уезд (1913, 1917): не путать с одноимённой волостью соседнего Каинского уезда.
- Северная (1-я Томская) укрупнённая волость (район), центр — Томск и село Северное (ныне — Северск), Томский уезд, 1923—1925.
- Семилуженская волость (писали также Семилужная волость), центр — село Семилужинское, Томский уезд (1901, 1913, 1922).
- Сергиево-Михайловская волость (Сергиевомихайловская волость), Томский уезд (1912).
- Сименовская волость, Томский уезд (1921).
- Спасская волость, центр — село Спасское, Томский уезд (1901, 1913, 1923).
- Судженская волость (писали также Суджанская волость), центр — село Судженское, Томский уезд (1913, 1923).
- Тайгинская укрупнённая волость (район), центр — станция Тайга, Томский уезд, 1923—1925.
- Таловская волость, центр — село Таловское, Томский уезд (1913, 1917, 1924).
- Темерчинская волость, центр — село Темерчинское, Томский уезд (1913).
- Телеутская волость, Томский уезд (1915); Кузнецкий/Кольчугинский уезд (1920—1924). Существовала до 04.09.1924. Упразднена, территория вошла в состав Бачатского района.
- Тискинская волость, центр — село Тискино, до 1922 — Томский уезд (1916, 1921), затем, с 1922, — в составе Нарымского уезда.
- Томская волость, Томский уезд (1915).В ежегоднике «Памятная книжка Томской губернии на 1915 год» в «Справочном разделе» упоминаются отдельно 2 одноимённые волости: Томская волость Кузнецкого уезда и Томская волость Томского уезда.
- Тутальская волость, центр — село Тутальское (Тальское), Томский уезд (1901, 1913, 1920).
- Турунтаевская волость, центр — село Турунтаево, Томский уезд (1911—1925).
- Тымская волость, центр — село Тымск, сначала Томский разряд/Томский уезд, затем Нарымский уезд (1590, XVII, 1923).
- Умревинская волость, центр — Умревинский острог, Томский уезд. Впервые была создана со строительством острога в 1703 году (Томский разряд/Томский уезд, XVIII век).
- Уртамская волость, центр — село Уртам/Вороново (1885, 1899, 1913). Впервые была создана со строительством Уртамского острога в 1684 году (Томский разряд/Томский уезд, XVII век).
- Чаинская волость, центр — село Подгорное; до 1922 — Томский уезд (1916, 1921), затем, с 1922, — в составе Нарымского уезда.
- Чатская волость, центр — село Кафтанчиково, Томский уезд (1915, 1924).
- Чатинская волость, Томский уезд (1924).
- Чаусская волость (иногда писали: Чаушская волость, в XVIII веке — Чеуская волость), центр — село Чаусское (Чаусский острог — ныне город Колывань), Томский уезд (1885, 1913), Новониколаевский уезд (с 1921).
- Чердатская волость, центр — село Чердаты, Томский уезд (1917), затем — Мариинский уезд (1920).
- Чилинская волость, село Чилино, Томский уезд (1917, 1920).
- Эуштинская волость, центр — село Эушта, Томский уезд (1920, 1924).
- Юргинская укрупнённая волость (район), центр — посёлок Юрга, Томский уезд, 1923—1925.
- Ярская волость, центр — село Ярское, Томский уезд (1920).