В 1913 году уезд состоял из 23 волостей:
Алейская — с. Старо-Алейское,
Александровская — с. Шемонаевское,
Бобровская,
Бухтарминская — с. Снегирёво,
Верх-Бухтарминская — с. Сенное,
Владимирская — с. Верх-Убинское,
Змеиногорская — с. Змеиногорское,
Зыряновская — с. Зыряновское,
Колыванская — с. Колыванское,
Курьинская — с. Курьинское,
Лаптевская,
Локтевская — с. Локтевское,
Николаевская — д. Салоновка,
Ново-Алейская — с. Красноярское,
Ново-Шульбинская,
Ново-Егорьевская,
Покровская — с. Березовское,
Риддерская — с. Риддерское,
Угловская,
Успенская,
Усть-Каменногорская — с. Красноярское,
Чарышская — с. Белоглазово,
Черновынская.
Верх-Алейская казачья станица.
Змеиногорский уезд Томской губернии образован как самостоятельный в 1894 году выделением волостей юго-западной части Бийского уезда и волостей южной части Барнаульского уезда Томской губернии. Уезд находился в составе Томской губернии в период с 1894 по 1917 гг. (в 1921 году Змеиногорский уезд Алтайской губернии будет реорганизован в Рубцовский уезд).
- Алейская волость, центр — село Старо-Алейское, Змеиногорский уезд (в составе уезда волость находилась с 1894 по 1917 гг. и с 1921 по 1925; затем «преобразована» в состав Алейского района).
- Александровская волость, Змеиногорский уезд (1899): не путать с одноимёнными волостями в других уездах Томской губернии: Барнаульском, Бийском, Нарымском и Томском.
- Бобровская волость, центр — село Бобровское, Змеиногорский уезд (1885, 1913). Волость находилась недалеко от Усть-Каменогорской крепости, которая ныне находится на территории Восточного Казахстана.
- Бухтарминская волость, центр — село Снегирёво, Бийский уезд (1885); Змеиногорский уезд (1899, 1913).Волость станет основой отдельного Бухтарминского уезда Алтайской губернии в 1920—1925 гг.
- Верх-Бухтарминская волость (Верхбухтарминская волость), центр — село Сенное, Змеиногорский уезд (1899, 1913).
- Владимирская волость, центр — село Верх-Убинское, Змеиногорский уезд (1899, 1913). Ныне — территория Восточно-Казахстанской области Казахстана.
- Змеиногорская волость, центр — село Змеиногорское, Змеиногорский уезд (1869, 1899, 1913). В 1860-х была известна как Змеиногорская Горнозаводская волость.
- Зыряновская волость, центр — село Зыряновское, Змеиногорский уезд (1869, 1899, 1913). В 1860-х была известна как Зыряновская Горнозаводская волость.
- Колывановская волость, центр — село Колывановское, Змеиногорский уезд (1899, 1913): не путать с созвучными по названию — Колыванскими волостями в других уездах губернии: Бийском,Мариинском и Ново-Николаевском.
- Курьинская волость, центр — село Курьинское, Змеиногорский уезд (1899, 1913, 1924)
- Лаптевская волость, центр — село Лаптевское, Змеиногорский уезд (1913)
- Локтевская волость, центр — село Локтевское, Змеиногорский уезд (1869, 1899, 1913).
- Моралихинская волость, Змеиногорский уезд (1914).
- Нарымская волость, Змеиногорский уезд (1899): не путать с одноимённой волостью в Нарымском уезде губернии.
- Николаевская волость, центр — село Салоновка, Змеиногорский уезд (1913): не путать с одноимёнными волостями Томской губернии в Барнаульском, Кузнецком и Томском уездах.
- Ново-Алейская волость (Новоалейская волость), центр — село Красноярское, Змеиногорский уезд (1899, 1913).
- Ново-Егорьевская волость (Новоегорьевская волость), центр — село Ново-Егорьевское, Змеиногорский уезд (1913).
- Ново-Покровская волость (Новопокровская волость), центр — село Ново-Покровское, сначала была в составе Барнаульского (1893), затем (1916) — Змеиногорского уездов.
- Ново-Шульбинская волость (Новошульбинская волость), центр — село Ново-Шульбинское, Змеиногорский уезд (1899, 1913)Ныне территория Восточного Казахстана.
- Покровская волость, центр — село Покровское, Змеиногорский уезд (1913): не путать с одноимёнными волостями Томской губернии в Барнаульском, Бийском и Каинском уездах.
- Поспелихинская волость, центр — село Поспелихинское, Змеиногорский уезд (1913—1925).Волость образована 1 января 1913 года путём выделения части территорий из состава Ново-Алейской волости.
- Риддерская волость, центр — село Риддерское, Змеиногорский уезд (1913). Ныне — территория Восточного Казахстана.
- Угловская волость, центр — село Угловское, Змеиногорский уезд (1913).
- Успенская волость, центр — село Успенское, Змеиногорский уезд (1913).
- Усть-Каменогорская волость, центр — село Красноярское, Змеиногорский уезд (1899)Ныне территория Восточного Казахстана.
- Чарышская волость, центр — село Белоглазово, Змеиногорский уезд (1913): не путать с одноимёнными волостями в соседних Барнаульском и Бийском уездах Томской губернии.
- Черновынская волость, центр — село Черновое, Змеиногорский уезд (1913).
- Шелковниковская волость, Змеиногорский уезд (1898).
- Шипуновская волость, центр — село Шипуновское, Змеиногорский уезд (1913—1921). Волость образована в 1913 году выделением территории ряда сёл Алейской волости. В 1921 году Шипуновская волость и соседние были объединены в состав новой, «Укрупнённой Змеиногорской волости». В реформу 1924—1925 гг. создаётся новый Шипуновский район преимущественно на территории бывшей Шипуновской волости и соседних с ней территорий.