На территории монастыря долгие годы существовали два монастырских кладбища. Возле Сретенского храма существовало «верхнее кладбище», где хоронили в основном священнослужителей, а между трапезным храмом и оградой с южной стороны размещалось «нижнее» монастырское кладбище, появившееся первым, ещё в 1850-х годах, когда обитель была ещё общиной.
Часть восстановленного некрополя
Над могилами и склепами устанавливались различные памятники и часовенки. Так, над могилой купца Д. В. Кириллова, скончавшегося в 1894 году и похороненного на верхнем кладбище, был воздвигнут величественный мавзолей. Но монастыре находили последнее пристанище не только именитые самарские горожане, но и представители других сословий: мещане и крестьяне. Примерно шестую часть от похороненных составляют дети в возрасте до 10 лет. После закрытия монастыря в 1920-х годах было закрыто и кладбище. В начале 1930-х многие монастырские строения были разобраны, пострадало и кладбище. Склепы священнослужителей на верхнем кладбище были вскрыты, их прах «перезахоронен», кладбище засыпано землёй, сейчас там находятся жилые дома. На нижнем кладбище были устроены общественный туалет и мусоросборник. Часть склепов использовалась под погреба. В годы Великой Отечественной войны некоторые из построенных на территории сараев и склепов использовались для производства заготовок для мин. Известны случаи, когда часть могильных плит и памятников вывозились с кладбища, перелицовывались и устанавливались уже на иных могилах с новыми именами.
Часть документов, относившихся к монастырскому некрополю, была утрачена, после восстановления монастыря в конце XX века началось и восстановление данных о захоронениях. К 2001 году было известно 593 имени похороненных в монастыре, и считалось, что на кладбище находится около 700 захоронений, из которых сохранилась лишь могила П. В. Алабина и его жены. Полагалось, что прочие могилы были вскрыты и уничтожены. Однако в 1996 году в ходе строительных работ был обнаружен массив захоронений, оказавшийся на глубине до 5 метров. Несколько лет археологи занимались охранно-спасательными работами. Обнаружилось, что хотя могилы были лишены надмогильных памятников, но далеко не все они были вскрыты, часть памятников была обнаружена в склепах, что способствовало опознанию захоронений. Были обнаружены различные металлические предметы, присущие захоронениям, — нательные кресты, пуговицы, металлические детали отделки гробов, в одном из захоронений была найдена красивая икона Иверской Божией Матери в позолоченном окладе — всё это было собрано и передано в архив монастыря. Обнаруженные останки сначала были перенесены в монастырь, в дальнейшем перезахоронены в склепе рядом с часовней. В ходе работ было установлено, что на территории Иверского некрополя насчитывается около тысячи погребений, удалось установить около 750 имён похороненных там.
На монастырском кладбище были похоронены такие именитые самарцы, как:
