июля 1941 г. Лепель был оккупирован немецко-фашистскими захватчиками. Сов информбюро в сводке за 4 июля сообщало о больших боях в районе Лепеля.
В это время развернулись жестокие бои на Витебском направлении в районе Сенно-Лепель. Эти бои вошли в историю Лепеля как Лепельский контрудар 6-10 июля 1941 г. Перед войсками Красной армии была поставлена задача: разгромить группировки противника, который наступал в направления на Витебск. Участвовали войска 20-ой армии (генерал-лейтенант П.А.Курочкин) Западного фронта в составе 5-го (генерал-майор И.П.Алексеенко) и 7-го (генерал-лейтенант В.И.Виноградов) механизированных корпусов. Контрудар наносился в районе Богушевска на юго-западе от Витебска в направления Сенно и Лепеля по 3-ей танковой группе немецкой армии. Соединения Красной Армии освободили Сенно, продвинулись на 30-40 километров, разгромили два немецких моторизованных полка. На лепельском направлении уничтожили немецкую моторизованную дивизию. После наиболее тяжелых боев на севере отСенно механизированные корпусы вынуждены были остановить наступление, и 10 июля советская армия отошла в район Орши.
3-4 июля на улицах Лепеля слышались рокот моторов и чужой язык. Придя в Лепель,гитлеровцы начали устанавливать «новый порядок» среди мирного населения путём кровавого террора, насилия, грабежа. С первых дней они стали приводить в исполнение генеральный план «Ост», который предусматривал колонизацию игерманизацию захваченных территорий. Главным средством осуществления этого плана являлась политика геноцида – планомерного уничтожения целых групп населения по тем или иным мотивам: советские активисты, коммунисты, евреи и т.д.На строениях, столбах забелели приказы, которые заканчивались угрозой: " За неисполнение - расстрел". Появилась немецкая администрация. В Лепеле появилась полиция. Бургомистром Лепеля стал бывший преподаватель физкультуры педтехникумаЮ.Ц.Неделька. В деревнях назначались старосты. Немцы хозяйничали в Лепеле. В Доме Советов открыли комендатуру, в педтехникуме-гестапо, в строении, известной как бывшая гимназия - немецкую казарму. Одновременно создавались лагеря для военнопленных. Военнопленных удерживали в чистом поле, обтянутом колючей проволокой, в районе нынешних построек автовокзала, сельхозтехники, госпиталя, бывшей бойни, ДЭУ, а также в деревнях Камень, Губино, Боровка. Большой концлагерь был размещен около железнодорожной станции в траншеях, часть которых была залита водой. Когда возникла необходимость работать на прокладке узкоколейки, немцы создали общий лагерь для военнопленных и гражданских в лесу, в 15 км от Лепеля в местечке Котловичи. Архивные документы свидетельствуют, что позже в Лепеле был создан концлагерь для гражданского населения. Численность гражданских пленных возросла после карательной экспедиции «Котбус» и карательной операции против партизан «Праздник весны» на 1 тыс. человек.
Одним с самых ужасающих сторон фашистского оккупационного режима было проведение геноцида в отношениях к гражданам еврейской национальности. Где-то в конце июля 1941 г. в Лепеле было создано гетто. Сразу после захвата Лепеля фашисты собрали всех евреев и переселили в гетто, которое находилось в районе улиц Вокзальной, Ленинской и Канальной. В городском саду «Динамо», между улицами Советской и К.Маркса к заранее подготовленным ямам подвозили евреев из концентрационного лагеря гетто, затем избивали, заставляли раздеться и группами по 15-20 человек расстреливали. Замучено и загублено около 1 тысячи человек разных возрастов обоего пола. В г.Лепель на еврейском кладбище в 1942 году гитлеровцы и полицаи провели массовые расстрелы евреев –стариков,женщин, детей и мужчин из концентрационного лагеря гетто. В 0,5 км севернее от д. Камень, слева от дороги в урочище Борки, похоронено 1500 евреев, которых 16-17 сентября 1941 г. гитлеровцы замучили и расстреляли.28 февраля 1942 г. квартал концентрационного лагеря гетто в г. Лепель оцепил наряд гитлеровцев и полицаев. В сильный мороз евреев выгоняли раздетыми из домов, грузили на автомашины и везли в д.Черноручье к приготовленным ямам, куда сваливали трупы расстрелянных стариков, женщин, детей.Убито более 2 тысяч человек. В 1975 на могиле установлена стела.
Карательные операции фашистов следовали одна за одной.
Утром 10 июня 1942 г.,отряд фашистских карателей и полицаи появились в д. Кистелёво.Всех жителей собрали и погнали в д.Костинка. Каратели вынесли из домов всё, что можно, а после деревню подожгли.Тем временем полицаи копали яму – могилу для кистелёвцев. Когда яма была готова, жителей деревни пригнали обратно, подводя к яме по два-три человека расстреливали в упор.Последним расстреляли старосту деревни СвиридаШнитко - 75-летнего старика.
28 октября 1942г. за то,что жители д.Кветча не выполнили зерновые поставки до 27 октября, налетели каратели, деревню сожгли и расстреляли более 40 человек.
После неудачного наступления на партизанский гарнизон в.д.Пышно, фашисты в отместку устроили карательную экспедицию в деревнях Слободка,Пунище и Кривцы, расстреляв и зверски замучив в них 159 человек. Согласна с архивными сведениями, за годы войны на Лепельщине уничтожено свыше 4700 человек, в т.ч. 1600 женщин, 550 детей, 903 человека вывезены в Германию на каторжные работы.
За годы войны в Лепельским районе полностью или частично гитлеровцы уничтожили 47 деревень.
Город Лепель имел важное стратегическое значение, ведь был он размещен на магистралях, которые связывали его с Минском, Витебском, Полоцком, Оршей, Борисовом. В Лепеле, Боровке размещались тылы 3-ей танковой армии немцев. Город был хорошо укреплен. Но надо заметить, что на захваченной территории оккупанты ощущали себя неуютно. С июля 1941 г. по 28.06.1944 г. в Лепеле и районе действовало антифашисткоеподполье: Лепельские подпольные райкомы КП(б)Беларуси (01.08.1941-29.06.1944) и ЛКСМБ (01.07.1942-29.06.1944). Подпольщики печатали листовки, воззвания, которые распространяли среди населения, помогали освобождать с концлагеря военнопленных, срывали поставки продуктов для немецкой армии, вели антифашистскую пропаганду средь "добровольцев" Каминского, распространяли сводки Совинформбюро, совершали диверсии.
Навсегда в памяти лепельчан останутся имена С.Р.Бороновского, А.А.Маруньки, Ф.Ф.Садковской, К.А.Мельникова, И.М.Шатыронка, В.А.Закревского и пр. Лепельчане сражались с оккупантами в партизанских отрядах. Первый партизанский отряд № 68 возник на территории района весной 1942 г., когда ЛепельскийРККП(б)Беларуси вывел в лес часть подпольщиков и к ним присоединилась группа вырвавшихся из окружения солдат во главе с Д.Ц.Короленком. 28 августа 1942 г. по решению Витебского подпольного обкома КП(б)Б на базе отрядов № 68 и № 9 была сформирована партизанская бригада "Дубрава". Командирам стал Ф.Ф.Дубровский, а комиссарам В.Е.Лобанок. В нашем районе действовали тоже партизанские бригады М.П.Гудкова, им. Чапаева, Чашницкая "Дубрава", Сенненская, Лиозненская, 1-аяБелорусская.
Часть территории Лепельскогорайона входила в Полоцко-Лепельскую партизанскую зону. В октябре 1943 г. во время Лепельской операции партизаны нанесли удар по хорошо укрепленном немецко-фашистском гарнизоне в Лепеле. Враг понёс значительные потери в живой силе и технике.
28 июня 1944 г. Лепельский район был освобожденный от немецко-фашистских захватчиков.