Первого формирования
К началу Великой Отечественной войны 1941-1945 гг. имел в своем составе эскадру надводных кораблей, морской оборонительный район, Главную военно-морскую базу Таллин (с 30 августа 1941 г. Кронштадт), Кольбергскую, Кронштадтскую, Ленинградскую, Лужскую, Островную, Прибалтийскую и другие военно-морские базы, отряд легких сил, отряд шхерных кораблей, 3 бригады и отдельный дивизион подводных лодок, 2 бригады торпедных катеров, группу надводных заградителей, 3 авиационные бригады и 11 отдельных авиационных эскадрилий, 6 укрепленных секторов береговой обороны, отдельный дивизион ПВО, бригаду и отдельный батальон морской пехоты, 2 отдельных пулеметных батальона, части специального и тылового обеспечения. Всего Балтийский флот насчитывал 140 боевых кораблей различных классов, в том числе: 2 линкора, 2 крейсера, 2 лидера эсминцев, 19 эсминцев, 7 сторожевых кораблей, 2 канонерские лодки, 34 тральщика, 4 минных заградителя, 68 подводных лодок и 95 катеров. В боевом составе военно-воздушных сил флота насчитывалось 595 боевых самолетов, в том числе 157 бомбардировщиков (торпедоносцев); в береговой обороне — 1528 орудий калибра 45-356 мм.
С началом военных действий главной задачей Балтийского флота являлось содействие войскам Северо-Западного и Северного фронтов на приморских направлениях. На первом этапе она решалась главным образом самостоятельными действиями сил флота (минно-заградительные действия, борьба на коммуникациях, действия против военно-морских сил противника). Затем основным видом боевой деятельности стали совместные действия сил флота с сухопутными войсками (артиллерийская и авиационная поддержка войск, их перевозка), оборона военно-морских баз и островов, высадка морских десантов.
Продвижение войск противника в глубь территории страны нарушило систему базирования Балтийского флота и резко сократило его возможности Флоту пришлось действовать на нескольких разобщенных направлениях в условиях господства авиации противника и постоянно наращиваемой минной опасности. Обороняя передовые базы и проводя активные боевые действия на морских сообщениях в Балтийском море, флот был вынужден в то же время обеспечивать чрезвычайно уязвимую, находившуюся под фланговыми ударами противника на всем протяжении коммуникацию Кронштадт — Таллин — Ханко — Моонзундские острова. Одновременно флот выделил силы и средства для обороны Ленинграда. За счет сил флота были сформированы Чудская, Ладожская, Онежская озерные военные флотилии и Ильменский отряд кораблей. Упорной обороной военно-морских баз Лиепаи, Ханко, Таллина, островов Моонзундского архипелага Балтийский флот на длительное время приковал к себе крупные силы противника, что ослабило его натиск на Ленинград. В августе 1941 г. с аэродромов острова Эзель (Сааремаа) дальние бомбардировщики ВВС Балтийского флота нанесли первые удары по Берлину. Только в 1941 г. корабли и самолеты Балтийского флота поставили 12 047 мин.
В исключительно сложной обстановке и с большими потерями в конце августа 1941 г. проведена операция по прорыву сил Балтийского флота из Таллина в Кронштадт. К месту назначения прибыло 112 боевых кораблей, 23 транспортных и вспомогательных судна. До 1944 г. силы флота базировались в Ленинградской и Кронштадтской военно-морских базах (с января 1943 г — Кронштадтский морской оборонительный район), где вошли в единую систему обороны Ленинграда. Балтийский флот оказал помощь войскам 8-й армии Ленинградского фронта при создании и удержании ораниенбаумского плацдарма (сентябрь-октябрь 1941 г.), надежно прикрывал морские подступы к Ленинграду. На сухопутные участки обороны направлено около 90 тыс. моряков. Морская авиация в этот период действовала главным образом на сухопутном направлении. Флот обеспечивал перегруппировки войск фронта, высаживал на фланги и в тыл противника тактические десанты. В битве за Ленинград корабли и береговая артиллерия Балтийского флота выполняли задачи по контрбатарейной борьбе с артиллерией противника и по усилению ПВО Ленинграда. В апреле 1942 г бил сорван замысел противника уничтожить ударами авиации корабли Балтийского флота, стоявшие на скованной льдом Неве. Входившая в состав флота Ладожская военная флотилия обеспечивала транспортные перевозки для блокированного с суши Ленинграда по Ладожскому озеру. В 1942 г. важное значение имели действия подводных лодок флота на коммуникациях противника в Балтийском море, которые умело, хотя и с большими потерями, преодолевали мощные минные и противолодочные заграждения в Финском заливе.
В январе 1943 г. Балтийский флот содействовал войскам Ленинградского и Волховского фронтов в прорыве сухопутной блокады Ленинграда. С 1943 г. на морских коммуникациях противника активно действовала авиация флота.
В январе 1944 г. силы Балтийского флота (2 линкора, 2 крейсера, лидер, 7 эсминцев, 4 канонерские лодки, 316 самолетов, 117 орудий береговой артиллерии) приняли участие в операции по разгрому противника под Ленинградом. В период подготовки Красносельско-Ропшинской операции флот в тяжелых ледовых условиях осуществил перевозку на ораниенбаумский плацдарм войск и военной техники 2-й ударной армии. Это позволило командованию фронта создать сильную группировку войск для удара по противнику. В ходе операции флот участвовал в артиллерийском (200 орудий крупного и среднего калибра) и в авиационном наступлениях в составе минно-торпедных, штурмовых и истребительных авиадивизий и отдельного разведывательного авиаполка. В Выборгской и Выборгско-Петрозаводской операциях артиллерия флота участвовала в прорыве обороны противника на Карельском перешейке, в артиллерийской поддержке и артиллерийском сопровождении войск. Морские десанты Балтийского флота овладели островами Бьеркского архипелага и Выборгского залива, надводные силы нарушали снабжение и эвакуацию войск противника морем. В Свирско-Петрозаводской операции Ладожская военная флотилия Балтийского флота содействовала сухопутным войскам в прорыве обороны противника и провела Тулоксинскую десантную операцию. При подготовке Таллинской операции флот обеспечивал перегруппировку войск 2-й ударной армии с нарвского на тартуский участок фронта, высаживал тактические десанты в гавани и порты на побережье и на острова Финского залива. В Моонзундской десантной операции на острова Моонзундского архипелага высажены 2 стрелковых корпуса 8-й армии и бригада морской пехоты общей численностью более 60 тыс. человек. Для авиационной поддержки привлекалась авиация флота. Действия Балтийского флота на морских сообщениях способствовали успешному разгрому войск противника в Прибалтийской, Восточно-Прусской и Восточно-Померанской стратегических операциях.
За годы войны на Балтийском море противник потерял 280 боевых кораблей и 624 транспорта общим водоизмещением около 1,6 млн. тонн, в том числе 2 линкора, 3 крейсера, 16 эсминцев, 18 сторожевых кораблей, 59 тральщиков и 16 подводных лодок. Флот высадил 1 оперативный, 16 тактических и 7 разведывательных десантов. ВВС флота произвели более 158 тыс. самолето-вылетов.
Свыше 100 тыс. балтийцев были награждены орденами и медалями; 137 человек удостоены звания Героя Советского Союза, а летчикам А.Е. Мазуренко, В.И. Ракову, Н.Г. Степаняну, Н.В. Челнокову это звание присвоено дважды. За успешное выполнение боевых задач 22 корабля и части Балтийского флота стали гвардейскими, 58 — награждены орденами, 15 соединениям и частям присвоены почетные наименования. Среди них 1- я бригада траления, 1-я бригада торпедных катеров, бригада подводных лодок, линкор «Октябрьская революция», крейсера «Киров» и «Максим Горький», подводные лодки «Щ-303», «Щ-307», «Щ-309», «Щ-310», «Щ-320», «Щ-323», «К-52», «Л-3», «С-13», Красносельская морская железнодорожная артиллерийская бригада, 1-я истребительная, 8-я минно-торпедная, 9-я штурмовая авиационные дивизии и другие соединения и части.
Командующий вице-адмирал, с мая 1943 г. адмирал Трибуц В.Ф. (июнь 1941 г. — до конца войны).Члены Военного совета: дивизионный комиссар Яковенко М.Г. (июнь-июль 1941 г.); дивизионный комиссар, корпусной комиссар, с декабря 1942 г. контр-адмирал, с мая 1944 г. вице-адмирал Смирнов Н.К. (июль 1941 г. — до конца войны); бригадный комиссар, дивизионный комиссар, с декабря 1942 г. генерал-майор береговой службы Вербицкий А.Д. (июль 1941 г. — до конца войны).
Начальники штаба: контр-адмирал Пантелеев Ю.А. (июнь-сентябрь 1941 г.); вице-адмирал Ралль Ю.Ф. (сентябрь 1941 г. — февраль 1943 г.); капитан 1 ранга, с января 1944 г. контр-адмирал Петров А.Н. (февраль- март 1943 г., октябрь-декабрь 1943 г., врид, и декабрь 1943 г. — апрель 1945 г.); контр-адмирал Арапов А.М. (март-октябрь 1943 г.); контр-адмирал Александров А.П. (апрель 1945 г. — до конца войны).
