Идея создания специального военно-учебного заведения тыла принадлежала начальнику мобилизационного отделения Главного Интендантского управления Военного министерства генералу Н.И. Соловьеву, стараниями которого Интендантский курс и был открыт в сентябре 1900 года. Возглавляемый генералом Соловьевым курс разместился в здании интендантского ведомства в Санкт- Петербурге, Мойка, 98, (ул. Глинки, 2). (см. картинку).
После первого года обучения были подведены итоги и принято решение установить срок обучения на курсе 2 года, с набором слушателей в два класса - старший и младший общим количеством 100 человек. К приему на курс допускались не только офицеры интендантского ведомства, но и других родов войск. При этом положение слушателей интендантского курса практически уравнивалось с положением слушателей военных академий.
С переходом на двухгодичный срок обучения интендантский курс возглавил генерал-майор В.Г. Бухгольц.
Популярность курса была достаточно высока. В 1901 году 13 офицеров из Академии Генерального штаба изъявили желание продолжить свое обучение именно на интендантском курсе. На 1 января 1902 года в младшем классе состояло на обучении 40 человек и в старшем - 33 человека.
В первое время на курсе штатных преподавателей было недостаточно, поэтому для проведения занятий приглашали специалистов из других учебных заведений. Это были действительно специалисты своего дела. Например, военную администрацию читал профессор Академии Генерального штаба Гейсман, законоведение - приват-доцент Санкт-Петербургского университета, коллежский советник Тимофеев. Курс устройства интендантских заведений читал инспектор Главного интендантского управления генерал-лейтенант Даниловский и др.
В итоге продуманная система обучения и воспитания слушателей курса принесла успех. 31 мая 1902 года первый выпуск двухлетнего курса обучения успешно сдал экзамены, 33 выпускника его были представлены императору и получили назначения на различные интендантские должности. Далее курс стал развиваться и совершенствоваться. На 1903 учебный год желающих поступить было в 4 раза больше, чем штатных мест.
Проблема отбора решалась весьма оригинально. Претенденты в войсках писали специальные контрольные работы, которые затем высылали в адрес начальника курса. Эти работы рассматривала специальная комиссия, и наиболее подготовленным абитуриентам высылали приглашения на сдачу вступительных экзаменов. Например, в 1902 году контрольных работ было прислано 168; 68 авторов работ было допущено к экзаменам, а сдало их 53 человека, но принято на курс всего 41 (поскольку дополнительно без экзаменов переведено 10 офицеров из Академии Генерального штаба). В основном это были молодые офицеры в возрасте до 30 лет, которые еще достаточно долго могли служить после завершения образования.