Комендантское кладбище - одно из старейших в Санкт-Петербурге. Первое захоронение на нем было произведено в 1720 г., когда здесь был погребен обер-комендант Р.В. Брюс. С этого времени берет начало традиция хоронить возле Петропавловского собора комендантов крепости, скончавшихся на этом посту. Всего до 1917 г. на Комендантском кладбище было похоронено 19 человек.
В XVIII в. коменданты крепости являлись одновременно и комендантами города, позже они выполняли в основном военно-хозяйственные и церемониальные функции.
В 1969 - 1983 гг. произведены реставрация и благоустройство кладбища по проекту архитектора И.Н. Бенуа и инженера Е.А. Комаровой. В ходе этих робот все надгробия были установлены на новые цоколи в соответствии с местами захоронений. Разрушенные склепы восстановлены из кирпича и перекрыты сводами. Не сохранившиеся надгробия М.О. Чемезова, Я.Х. Бахмиотова, В.А. Данилова, а также сильно пострадавшие надгробия Г.Д. Есипова и Н.И. Зиновьева были сделаны заново из известняковых плит. Территория кладбища спланирована в трех уровнях, в соответствии с хронологией захоронений, при этом могилы сгруппированы по времени. Надгробия XVIII в. расположены напротив восточной стены собора на самом нижнем уровне, захоронения XIX в. - на среднем уровне в южной части кладбища, а могилы XX в. - на современном уровне, в северо-западной части.