С создания «Дельфина» ведет отсчёт хроника подводного флота России. Этот корабль стал первой русской подводной лодкой почти в современном понимании. В середине XIX века Морское ведомство России предприняло несколько попыток обзавестись подводным боевым кораблём. Однако уровень техники того времени не позволил добиться существенных в военном отношении результатов. Перелом наметился в 1880-х годах, когда во Франции появились подлодки с гребным электродвигателем и батареей аккумуляторов; в этот же период шведский конструктор Норденфельд и английский инженер Гаррет создали несколько типов лодок с паровой машиной. Оружием всех этих кораблей служили самодвижущиеся мины Уайтхеда (торпеды). Всё это не осталось незамеченным командованием Российского флота.
Инициатором создания первой русской подводной лодки стал член Морского технического комитета, главный инспектор кораблестроения Николай Евлампиевич Кутейников. В конце 1900 года было принято решение о создании Комиссии по проектированию «Полуподводного миноносца», для чего была создана группа учёных специалистов. В неё вошли: талантливый инженер Иван Григорьевич Бубнов, преподаватель Минного офицерского класса и командир миноносца Михаил Николаевич Беклемишев и инженер-механик Иван Семёнович Горюнов. Вновь образованную Комиссию возглавил И.Г. Бубнов. Морское министерство поставило перед Комиссией цель создать полуподводный миноносец (класса «подводные лодки» тогда не существовало), который решал бы относительно скромные задачи прибрежной обороны, но не уступал по своим тактико-техническим характеристикам зарубежным аналогам. Через несколько дней после утверждения проекта Главное управление кораблестроения и снабжений выдало Балтийскому заводу наряд на постройку корпуса «Миноносца № 113». 
Для организации постройки лодки образовали Строительную комиссию в составе И.Г. Бубнова, М.Н. Беклемишева и И.С. Горюнова; непосредственное руководство постройкой возлагалось на Бубнова. 5 июля 1901 года «Миноносец № 113» заложили на вновь оборудованном стапеле рядом с большим каменным эллингом.
Для создания корабля использовались передовые технические достижения того времени. В конце лета Путиловскому заводу заказали листовую и профильную никелевую сталь для корпуса подводной лодки. Но ещё раньше, в июле, начались сложности: выяснилось, что выпуск отечественных аккумуляторов типа «Моноблок» прекращен. Выход удалось найти. Товарищество «Дюфлон, Константинович, Дизерен и К°» взялось организовать поставку аккумуляторов из Франции, причем тех систем, что ставились на лодки французского флота. Во второй половине ноября 1901 года М.Н. Беклемишев ездил в Париж для окончательного выбора поставщика, остановившись на «Компании аккумуляторов Фюльмен».
Парижский завод «Сотерн-Гарде» принял заказ на гребной и вспомогательные электродвигатели, а также компрессор. Через Санкт-Петербургское отделение компании «Шуккерт» за границей заказали приборы и часть комплектующих изделий электросистемы. Минные аппараты Джевецкого также поставлялись из Франции. За изготовление перископа взялась варшавская фирма «Фос». Бензомотор и разобщительную муфту, как и планировалось, заказали компании «Даймлер-Моторен-Гезельшафт» в Штутгарте; в то время она выпускала самые мощные судовые моторы. За изготовление воздухохранителей взялся Обуховский завод Морского ведомства. На долю Балтийского завода оставались системы, устройства и монтаж всего оборудования в корпусе подлодки.
Вскоре на будущую лодку начали подбирать команду. В феврале 1902 года Комиссия предложила проект штата подлодки: два офицера и восемь матросов. Подбор кандидатов в подводники возложили на М.Н. Беклемишева. Уже 26 февраля он представил список команды «Миноносца № 113». По отзывам их начальников, это были люди «здорового сложения, хорошего поведения и некурящие, все выразили желание служить на подводной лодке». Позднее М.Н. Беклемишев отметил: «Эти люди шли по желанию, были высоких качеств и вполне заслуживают упоминания при описании постройки первой лодки». Поэтому и мы приводим список матросов первой команды «Дельфина»: самостоятельные машинисты Георгий Ругэ, Марцелий Мер; минные квартирмейстеры Иван Гладков, Василий Акулов; минные машинисты Григорий Боэр, Григорий Рожнов; рулевые Пётр Ветошкин, Иван Паробейкин, Лука Ларин. Вскоре команду «Миноносца № 113» зачислили в состав 8-го флотского экипажа. 
14 сентября 1902 года лодка под названием «Миноносец № 150» была зачислена в состав флота, а в конце того же месяца капитана 2-го ранга Беклемишева назначили её командиром. Его помощником стал лейтенант А.О. Гадд, недавно закончивший курс Водолазной школы в Кронштадте. В мае 1903 года «Миноносец № 150» был спущен на воду, а в начале июня того же года был готов к испытаниям.
Утром 8 июня 1903 года «Дельфин» отошёл от стенки Балтийского завода и взял курс в Финский залив. Начались ходовые испытания. Миноносец ровно держал заданную глубину, уверенно погружался и всплывал. На испытаниях в районе Толбухина маяка миноносец погружался на глубину 15 метров, плавал и успешно ходил под перископом. Плавание в свежую погоду (до 4-х баллов) показало его хорошую мореходность. Подобные упражнения заняли около двух недель. Из недостатков выявились продолжительное время погружения и недобор скорости. Докладывая 21 июля о завершении предварительных опытов, И.Г. Бубнов особо отметил, что «команда относится к миноносцу с большим доверием и привыкает к быстрому и безошибочному исполнению распоряжений». В эти дни миноносец осмотрели члены Морского технического комитета и управляющий Морским министерством Ф.К. Авелан, а начальник Главного Морского Штаба участвовал в одном из подводных плаваний. 3 июля лодку осмотрел генерал-адмирал Великий Князь Алексей Александрович.
16 августа на Балтийском заводе ожидали прибытия Высочайших Особ: предстояла церемония спуска на воду эскадренного броненосца «Слава» и Императорской яхты «Александрия». Руководство Морского ведомства, пользуясь удобным случаем, решило показать Императору Миноносец № 150. После благополучного спуска обоих кораблей подводная лодка подошла к пристани Царского павильона, расположенного со стороны Невы у большого каменного эллинга Балтийского завода. Осмотрев корабль и выслушав краткие пояснения И.Г. Бубнова, Император пожелал Ивану Григорьевичу «успеха при дальнейших постройках».
20 августа, лодка снова демонстрировала свои возможности в Высочайшем присутствии: ходила в позиционном положении и под перископом на кронштадтском рейде в пространстве между яхтами «Штандарт», «Полярная звезда», «Стрела» и «Александрия». Кроме команды на лодке находилась Строительная комиссия в полном составе. Испытания миноносца продолжались до середины октября и выявили недостатки бензомотора: появлялись трещины в цилиндрах, при качке нарушалась подача бензина и смазочного масла, в подводном положении запорный клапан газоотвода иногда пропускал воду, отчего она оказывалась в цилиндрах двигателя. Требовалось многое переделать.
В конце сентября у острова Равица погружались на глубину 24 м. В эти же дни миноносец сделал большой переход под электромотором из Бьёрке (ныне Приморск) в Петербург. Испытания показали, что время перехода с бензомотора на гребной электродвигатель составляет около полуминуты, а обратно – около четырёх минут. В середине октября корабль закончил кампанию и был поставлен на клетки на Балтийском заводе. Неделей раньше приказом по Морскому ведомству № 176 от 7 октября Миноносец № 150 зачислили в III ранг судов и причислили к 8-му флотскому экипажу Балтийского флота. 
Испытания 1903 года показали возможность подводного плавания и управления лодкой - главную задачу удалось решить. Оставалась неизвестной наибольшая дальность плавания при надводном ходе. Но возможность зарядки аккумуляторов на ходу удалось проверить много раз, в том числе и в позиционном положении при закрытой крышке люка. Важным успехом конструкторов стали и сносные условия обитаемости на лодке: команда и рабочие завода переносили плавание хорошо. Многое, однако, предстояло доделать. Испытания показали необходимость переделки гребного винта и бензомотора. Для улучшения видимости из рубки следовало увеличить её высоту и поставить второй перископ. Требовалось увеличить и площадь горизонтальных рулей, изменив при этом форму носовой части надстройки.
Лодка получила гребной винт с поворотными лопастями (ВРШ по современной терминологии), угол поворота которых изменялся изнутри корпуса при помощи валикового привода. Важные меры приняли для улучшения обитаемости: установили подводный гальюн, подвесы для коек, шкафчики для вещей команды. За успешное создание подводной лодки члены Комиссии и служащие Балтийского завода были поощрены крупными денежными премиями.
В ночь с 26 на 27 января 1904 года нападением японских миноносцев на Русский флот в Порт-Артуре началась Русско-японская война. М.Н. Беклемишев предложил отправить «Дельфин» в Порт-Артур по железной дороге, но этому помешали сложности перевозки. Кроме того, в связи с началом войны был заказан ряд подводных лодок за границей и также планировалось их ускоренное строительство в России, для которых требовались обученные экипажи, поэтому миноносец оставили на Балтике, как учебный корабль. В начале июня Миноносцу № 150 было присвоено имя «Дельфин». 6 июня на нём начались учебные погружения. Обучением новичков руководил капитан 2-го ранга Беклемишев. До середины июня миноносец, имея на борту от 30 до 45 человек, несколько раз погружался, чтобы приучить людей к обстановке подводного плавания. Для тренировки управления лодкой в подводном положении не раз выходили в залив с меньшим числом учеников. Казалось, всё шло гладко, и сложная по тем временам техника покорялась людям.
Утром 16 (29) июня 1904 года планировалось очередное учебное погружение у стенки Балтийского завода. На лодку прибыли лейтенанты А.Н. Черкасов, М.А. Елагин, поручик М.И. Горазеев и 34 нижних чина. Руководить погружением предстояло Черкасову, который не раз уже замещал командира: Беклемишев уехал по делам в Кронштадт. Из 34 матросов лишь четверо принадлежали к штатной команде «Дельфина», остальные были новичками.
После того как команда разошлась по постам, оттолкнулись без хода от стенки метров на 10. Офицеры находились наверху и курили у открытого люка. Отметим, что его полное закрытие требовало не менее полуминуты при усиленной работе двух матросов на приводе. Черкасов отдал команду заполнять балластные цистерны. Иногда и Беклемишев начинал погружение, находясь на палубе, но вскоре спускался в лодку; люк же прикрывали, оставляя щель для стравливания избыточного давления (вентиляция балластных цистерн была выведена в лодку, а кроме того, давление поднимал и насос, разрежающий воздух в носовой «черной» цистерне). В нужный момент крышку люка быстро закрывали. 
Черкасов упустил из виду, что лодка перегружена и опускается быстрее обычного. Когда он, наконец, последним спускался вниз, вода уже покрывала невысокую надстройку лодки; плавучесть её была на исходе. Лишь находясь на трапе, Черкасов отдал приказание закрывать люк. Спустившись, на командирской площадке он не остался, а сошел вниз в жилую палубу. Эта его последняя ошибка стала роковой. Почти сейчас же в люк потоком хлынула вода. Людей, находившихся внизу, охватила паника, а путь наверх оказался закрыт. Из лодки успели выскочить трое матросов, в том числе двое находящихся под люком рулевых. Но другие в это время вращали рукояти привода, крышка опускалась и четвёртого из выскакивавших прижало к комингсу люка. Он погиб, а между крышкой и комингсом оставалась щель около 80 мм, через которую быстро поступала вода...
На лодке растерялись не все. Квартирмейстеры Рожнов и Сюткин, поручик Горазеев пытались продуть концевые цистерны. К сожалению, было поздно. Людьми уже никто не управлял. Матросы Савинов и Телов, стоявшие у ручек привода крышки люка, по своей инициативе приподняли её, а когда тело застрявшего свалилось вниз, быстро закрыли. Поток воды иссяк, в лодке сохранилась воздушная подушка, но высотой не более 30 см. В живых оставались стоявшие на верхних ярусах аккумуляторов и средней цистерне. В воздух поступали пары топлива: кто-то в суматохе разбил контрольное стекло бортовой бензиновой цистерны. Становилось невозможно дышать. Тогда Савинов и Телов приподняли крышку примерно до половины. Спасшийся последним Н.Г. Телов на следствии рассказывал: «Вода тогда совершенно заполнила лодку, и сквозь эту воду я увидел как вверх к выходу из рубки потянулись изнутри судна тени людей». Мужество Савинова и Телова позволило спастись двум офицерам и семи матросам, всего же выплыли 12 человек. Не пожелал спасаться лейтенант Черкасов. С ним погибли еще 24 человека. Похоронили погибших подводников на Смоленском православном кладбище.
СПИСОК ПОГИБШИХ НА ПОДВОДНОЙ ЛОДКЕ «ДЕЛЬФИН» 16/29 ИЮНЯ 1904 ГОДА
Лейтенант Анатолий Черкасов
Рулевые:
Василий Лебедев
Афанасий Куликов
Григорий Норин
Александр Третьяков
Минно-Машинные квартирмейстеры 1-ой статьи:
Василий Акулов
Григорий Рожнов
Иван Гуров
Иван Старых
Минно-Машинные квартирмейстеры 2-ой статьи:
Константин Сергеев
Михаил Зверев
Александр Королёв
Игнатий Лукин
Виктор Никифоров
Никифор Дюбов
Владимир Сборщик
Николай Омячкин
Иосиф Крылов
Андрей Кулач
Илья Сурков
Иван Гуров
Гуго Юнг
Машинист 1-ой статьи Александр Курылёв
Минный машинист Иван Лебедев
Строевой квартирмейстер 2-ой статьи Николай Чернышов
Спасательными работами руководил начальник Балтийского завода С.К. Ратник, которому помогали М.Н. Беклемишев и И.Г. Бубнов. Во время подъёма лодки плавкранами и откачки из неё воды произошли два взрыва гремучей смеси, так как электрические цепи лодки оставались под током и давали замыкания, а внутри корпуса скапливались газы от разложения воды током аккумуляторов. И всё же повреждения оказались не столь уж велики: подмоченные электромоторы, разбитые приборы, необходимость переборки механизмов. Авария высветила и нравственную ответственность конструкторов, а кроме того, роль психологической подготовки подводников ко всяким неожиданностям. В общем же, история эта стала тяжёлым уроком в системе подготовки команд строящихся подводных лодок. Несмотря на пережитое, никто из спасшихся не пожелал оставить подводное плавание. Не уменьшилось и число желающих служить на подводных лодках.
«Дельфин» затонул до его приёма в казну. Поэтому, чтобы не увеличивать общую стоимость постройки за счёт ремонта, Балтийскому заводу дали особый наряд на его восстановление. На лодке заменили аккумуляторную батарею, а старую после переборки и промывки оставили в запас. Произвели и корпусные переделки: изменили надстройку, сделав её выше, увеличили высоту командирской рубки, оборудовали крышку люка противовесом. В корпусе был сделан вырез со скруглёнными углами, на который монтировался накладной лист с укрепленной в нём рубкой. Вся конструкция обтягивалась болтами, которые затем чеканились. В середине августа М.Н. Беклемишеву поручили временно исполнять обязанности заведующего подводным плаванием; командиром «Дельфина» стал призванный из запаса лейтенант Г.С. Завойко. В конце месяца «Дельфин» подготовили к испытаниям, а в начале сентября была готова и первая из вновь построенных на Балтийском заводе лодок – «Касатка». В течение сентября и первой половины октября обе лодки испытывались в Финском заливе и на кронштадтском рейде.
Шла Русско-японская война. Большинство подводных лодок готовилось к отправке на Дальний Восток по железной дороге. Направлялся во Владивосток и «Дельфин». После испытаний и учебной стрельбы минами у Кронштадта «Дельфин» и «Касатка» 18 октября перешли к Балтийскому заводу. Началась непосредственная подготовка лодок к отправке. Отправка «Дельфина» и «Сома» планировалась на 15 ноября; их свели в эшелон № 602. Начальником эшелона назначили командира подлодки «Сом» лейтенанта князя В.В. Трубецкого. За день до отъезда команды обеих подводных лодок были приняты Императором Николаем II в Александровском дворце Царского Села. 29 декабря 1904 года эшелон № 602 с подводными лодками благополучно прибыл во Владивосток.
В первый день нового 1905 года прибывшие подводные лодки приказом командира Владивостокского порта контр-адмирала Н.Р. Греве свели в Отдельный отряд миноносцев. Командир подводной лодки «Касатка» лейтенант А.В. Плотто стал исполнять обязанности заведующего Отдельным отрядом. Ещё до прибытия во Владивосток подводных лодок им подобрали место для сборки на мысе Эгершельд, расположенном приблизительно в трёх километрах от города в его тогдашних границах по западному берегу бухты Золотой Рог. Это место было отведено «для сохранения секрета сборки».
«Дельфин» спустили на воду 14 января, сборочные и наладочные работы заняли ещё месяц. Для установки и зарядки батарей лодки переходили от Эгершельда в порт. И всё же оборудование лодок проходило «при необыкновенном усердии команд и офицеров». Командир «Дельфина» Завойко подал рапорт о готовности лодки 6 февраля. Во льду бухты сделали майну, и 12 февраля «Дельфин» успешно произвел пробное погружение. Уже 14 февраля «Дельфин» и «Сом» вместе с транспортом «Камчадал» перешли в бухту Патрокл практиковаться в подводном плавании. Вскоре из Кореи поступило донесение разведки о появлении японского флота у Тяньшена. Туда срочно снарядили экспедицию из двух миноносцев и двух подводных лодок, причём «Дельфин» был вооружён минами, а безоружный «Сом» шёл как разведчик. Но едва отряд 21 февраля дошёл до мыса Гамова, как его вернули во Владивосток: донесение оказалось ложным. К 21 марта «Дельфин» совершил дальние выходы для изучения театра боевых действий.
В конце апреля во Владивостоке получили донесение, что в районе бухты Преображения японские корабли высаживают десант. Военный совет решил выслать туда отряд подводных лодок («Сом», «Дельфин» и «Касатку») под командованием лейтенанта Плотто. В тот же день лодки приняли боевые мины. Ночью 28 апреля «Дельфин» вышел в море. Поход проходил в штормовых условиях и при густом тумане. Японских кораблей так и не нашли. Правда, проникший дальше всех (на 30 миль восточней мыса Поворотного) «Сом» имел боевое столкновение с двумя японскими миноносцами. Кончилось оно безрезультатно: лодка успела погрузиться и приготовилась к атаке, но противник ретировался.
«Дельфин» в эти дни вёл разведку берега западнее мыса Поворотного и из бухты Гайдамак 4 мая возвратился во Владивосток. 10 мая на корабле произошла серьезная авария. Из-за взрыва паров бензина, пострадал один человек. Однако на этот раз подводная лодка пострадала гораздо сильнее, чем в роковой день 16 июня. Переборки и ремонта требовали все механизмы. Даже корпус нуждался в исправлениях. Лодка стала на капитальный ремонт до конца войны с Японией. До аварии «Дельфин» успел провести в учебных и боевых походах на Дальнем Востоке всего 17 дней.
Многие в то время считали, что боевая эффективность от применения подводных лодок невелика, но известно, что на врага появление нового вида оружия, производило очень сильное воздействие. Вследствие наличия во Владивостоке подводных лодок японцы так и не решились на плотную блокаду города. После заключения в Портсмуте Русско-японского мирного договора, 18 сентября на крейсере «Россия» стороны подписали протокол о разграничительной линии на море. Боевые действия прекратились.
8 октября 1905 года «Дельфин», закончив ремонт, вышел на испытания. По-прежнему им командовал Г.С. Завойко. Опыт плавания 1905 года подводных лодок «Дельфин» и «Касатка» в солёных водах Тихого океана показал быстрое оборжавление мин и наружных механизмов аппаратов Джевецкого. В начале января 1906 год начальник отряда капитан 2 ранга А.В. Плотто подал в отставку и ушёл в отпуск «до приказа». Вскоре морской министр поручил командиру крейсера «Жемчуг» капитану 2 ранга П.П. Левицкому временно «принять заведывание подводными лодками». Весной на «Дельфине» произошла трагедия, в результате которой погиб его командир Г.С. Завойко. В 1906 году «Дельфином» последовательно командовали лейтенанты Желтухин, Петров и Домерщиков. В феврале 1907 года командиром «Дельфина» назначили лейтенанта В.Ф. Дудкина. Лодка требовала крупного ремонта. В конце сентября Морское министерство ввело новую классификацию, и «Дельфин» причислили к классу подводных лодок.
К лету 1908 года сложилась практика боевой подготовки лодок, которые обыкновенно стояли и проводили тренировки в бухтах Новик, Воевода, Разбойник и в Славянском заливе. 2 сентября 1908 года прошли первые манёвры с участием подводных лодок: они выходили в учебные атаки на крейсер «Аскольд». «Дельфин» удачно атаковал крейсер у мыса Бартенева. 
С первого января 1910 года отряд был преобразован в дивизион подводных лодок Тихого океана, а в середине марта командиром «Дельфина» вместо вернувшегося на Балтику В.Ф. Дудкина стал лейтенант Е.Е. Проффен. Зиму 1912/13 года «Дельфин» находился на берегу. В конце апреля 1913 года временным командиром «Дельфина» назначили штабс-капитана по Адмиралтейству Н.А. Игнатова. В середине ноября 1913 года командиром «Дельфина» назначили лейтенанта Н.М. Лемана. Команда подлодки состояла тогда из двух офицеров и 18 нижних чинов.
После начала Первой мировой войны, «Дельфин» вместе с другими подводными лодками перешёл во Владивосток, где принял боевые мины и пополнил запасы. Начались учебные минные стрельбы в бухтах Житкова, Новик и Разбойник. В конце января 1915 года в командование «Дельфином» вступил мичман Д.А. Дрейер. В штат команды добавили двух кондукторов (всего стало 22 человека). Весной во время ремонта наконец переделали вентиляцию балластных цистерн. Летние испытания показали, что общее время погружения сократилось до десяти минут; с четырёх до трёх минут уменьшилось время перехода под воду из позиционного положения. Продолжалась обычная боевая подготовка с минными стрельбами у острова Путятина и в Славянском заливе. В ту кампанию в море брали по несколько человек практикантов – гардемаринов Морского корпуса. В конце 1915 года в дивизионе остались две подводные лодки: «Дельфин» и «Кефаль». 6 февраля командующий флотилией контр-адмирал И.И. Шульц поставил вопрос о переводе «Дельфина» в район боевых действий. Инициатива эта оказалась весьма своевременной.
В середине 1915 года Морской Генеральный штаб предлагал перевести на Север с Балтики для усиления обороны Кольского залива две лодки Холланда. Однако командующий Балтийским флотом вице-адмирал В.А. Канин не согласился с этим планом. Напоминание о «Дельфине» пришлось к месту. В начале марта Морской Генеральный штаб запросил Владивосток о техническом состоянии лодки и получил ответ, что бензиновый мотор может работать ещё не менее двух лет, а лодку удастся подготовить к перевозке за три недели.
В 1915 году в Архангельск перевели две лодки дивизиона подводных лодок особого назначения, которым командовал старший лейтенант И.И. Ризнич. Эти подлодки (типа «Холланд 27-В») имели водоизмещение всего 35 тонн и были малопригодны для тяжёлых условий Севера. Одна из них, № 2, при попытке буксировки в Александровск-на-Мурмане (ныне город Полярный) была выброшена на камни. Уцелевшую лодку № 1 вернули в Архангельск. В марте 1916 года Морской Генеральный штаб предложил перевезти в Архангельск «Дельфин», а затем отправить в Александровск. Предстояло доставить «Дельфин» по железной дороге до Вологды, а затем, перегрузив на баржу, по рекам Сухона, Юг и Сев.Двина перевести к месту назначения. Министр этот план утвердил.
В конце марта главноначальствующий Архангельска и района Белого моря вице-адмирал Угрюмов срочно сообщил в Петроград, что «Дельфин» надо направлять не в Вологду, а в Котлас, так как и железнодорожный путь, и водный при этом получаются много короче, к тому же Котлас не так забит грузами, как Вологда. К 20 июня 1916 года эшелон прибыл в Котлас, лодку погрузили на баржу; на второй барже поместилось её имущество. В Архангельск караван прибыл 25 июня. 22 июля пароход «Сума» с «Дельфином» на буксире вышел в Александровск. Караван конвоировал ледокол «Вайгач».
Ещё 30 июня 1916 года приказом морского министра «Дельфин» включили в состав судов дивизиона подводных лодок особого назначения. К этому времени подводную лодку № 2 (типа «Холланд 27-В»), лежащую на камнях у Иоканьги, окончательно признали «в безнадёжном к спасению состоянии» и исключили из списков флота. Помимо «Дельфина» в Александровске находилась лишь подводная лодка № 1 (также типа «Холланд 27-В»). В начале сентября командир дивизиона И.И. Ризнич доложил, что «Дельфин» можно успешно использовать на Севере, однако «для плавания лодок необходима по местным условиям плавучая база, коей при дивизионе нет и без которой выход в море на мало-мальски продолжительный срок очень утомителен, особенно для лодки № 1».
После шторма 16 сентября 1916 года у «Дельфина» оказались повреждёнными ограждения носовых и средних горизонтальных рулей. Их ремонт занял несколько дней, так как для работы в носовой цистерне лодку приходилось «осушать» на мелководье во время отливов. В конце октября Ризнич доложил в Морской Генеральный штаб, что «Дельфин» будет готов через месяц. Вскоре И.И. Ризнич получил предписание выехать за границу для перегона на Север подводной лодки «Святой Георгий», построенной в Италии для Российского флота. Он взял с собой многих специалистов из команды «Дельфина», и лейтенанту Дрейеру пришлось срочно готовить для лодки новый экипаж. В конце декабря Морской штаб известил начальника дивизиона, что по плану подводные лодки «Дельфин» и № 1 в конце 1917 года будут заменены новыми лодками типа АГ.
Жизнь и служба на Севере была нелегка, особенно страдали матросы от недостатка витаминов в рационе. В 1917 году многие из команды «Дельфина» болели цингой, пришлось уволить по болезни около половины моряков. Тем не менее, к весне «Дельфин» привели в состояние боевой готовности. Однако выходить в море ему не пришлось. В начале апреля с обеих подлодок дивизиона по приказу начальника Кольского района сняли команды для «латания дыр» - приведения в порядок механизмов на кораблях дивизиона сторожевых катеров.
В ночь с 25 на 26 апреля поднялся сильный шторм. Волны выбили кранцы между корпусами, и лодку № 1 повредило ударами об ограждения горизонтальных рулей «Дельфина». Понемногу принимал воду и «Дельфин», так как удары волн по плоскостям рулей расшатали сальники. Лодку № 1 успели перетянуть ближе к берегу, где она и затонула, а «Дельфин» удалось удержать на плаву, лишь нижняя часть якоря гребного электромотора побывала в воде. Лодку подготовили к обсушке, но... через два дня командующий флотилией Северного Ледовитого океана обратился в Морской Генеральный штаб с предложением признать обе лодки окончательно непригодными для боевой службы. Из Петрограда ответили, что их можно пока использовать для обучения команд лодок типа АГ, прибывающих из Америки на Север. После этого частью подводников укомплектовали корабли дивизиона сторожевых катеров... Стало ясно, что в близком будущем дивизион подводных лодок расформируют.
После Февральской революции в соединениях и на кораблях образовались комитеты, создали комитет и в дивизионе. На собрании 8 июня оставшийся личный состав принял обращение к подводникам Балтики «с просьбой настоять, чтобы при расформировании нашего дивизиона команда не была бы разогнана по разным надводным судам, а переведена в полном составе на лодки Балтийского моря». Туда же предлагалось отправить ценное оборудование. К августу в Петрограде решили перевести подводников с Севера на Балтику в бригаду подводных лодок и здесь же готовить команды для лодок типа АГ. Корабли дивизиона подлежали сдаче в порт, имелось и предложение переоборудовать «Дельфин» в портовый танкер. Приказом морского министра от 10 августа 1917 года подводные лодки № 1 и «Дельфин» предписывалось сдать в порт, в этот же день был подписан приказ о расформировании дивизиона. А 23 августа обе лодки исключили из списков флота. Часть оборудования «Дельфина» отправили на Балтику, часть осталась на Севере. К сожалению, не сохранилась и серебряная закладная доска, её забрал кто-то из офицеров, позднее эмигрировавший. Корпус лодки отбуксировали в Мурманск и оставили на береговой полосе территории торгового порта.
При обследовании Мурманского порта после окончания Гражданской войны известный подводник Л.А. Белецкий поднял вопрос о дальнейшей судьбе «Дельфина». В рапорте командира дивизии подводных лодок Балтийского моря Я.К. Зубарева на имя командующего флотом говорилось: «крайне желательно... дедушку русского подводного флота спасти от разрушения и хранить с почётом, как хранят в Киле немцы первую лодку своего знаменитого изобретателя Бауэра». Зубарев просил указаний на перевозку корпуса «Дельфина» в Петроград. Ответ штаба флота в начале февраля 1921 года обескураживал: «подлодка "Дельфин" уже продана Латвии и в ведении Моркома не находится; интерес к ней как к историческому памятнику отходит на второй план под давлением более важных... боевых интересов, экономического кризиса и расстройства транспорта». Чиновники советского Морского комиссариата явно не хотели лишних хлопот. Через несколько лет корпус «Дельфина» сдали на слом.
Так закончился путь первой боевой подлодки флота России. Служба «Дельфина» продолжалась 15 лет на Балтике, Тихом и Северном Ледовитом океанах. И хотя не довелось ему атаковать вражеские корабли, это не уменьшает значение первенца подводного флота России. Постройка и служба этой лодки дали богатый материал для создания последующих поколений подводных лодок «русского» типа. На «Дельфине» обучались наши первые подводники, закладывались приёмы, методы, навыки, обычаи подводного плавания. А его создатели воспитали поколение инженеров и учёных, заложивших впоследствии основы современного подводного флота России.
29 июня 2009 года в день 105-й годовщины гибели моряков-подводников в результате аварии на первой русской боевой подводной лодке «Дельфин» Санкт-Петербургский отдел Российского Имперского Союза-Ордена и Санкт-Петербургский клуб моряков-подводников в рамках проекта «Уход за могилами чинов Российской Императорской Армии и Флота» провели памятное мероприятие на братской могилеэкипажа подводной лодки «Дельфин», находящейся на Кадетской дорожке Смоленского Православного кладбища. На могиле погибших моряков была отслужена панихида, и прошел памятный митинг, а также был открыт информационный стенд, рассказывающий как о самой аварии 16 (29) июня 1904 года, так и об истории зарождения отечественного подводного флота, создания первой боевой подводной лодки «Дельфин». В памятном мероприятии приняли участие организации ветеранов моряков-подводников, военно-морских училищ, общественных и военно-исторических организаций Санкт-Петербурга, представителей Центрального Военно-Морского музея, СМИ.
