Сельское поселение находилось к западу от соломбальского острова Хабарка города Архангельск и к востоку от Вознесенского сельского поселения, на островах дельты Северной Двины.
Муниципальное образование было образовано в 2006 году.
В 2015 году муниципальное образование было упразднено путём объединения Вознесенского, Пустошинского и Ластольского сельских поселений в одно муниципальное образование Островное сельское поселение с административным центром в селе Вознесенье.
В 1924 году был образован Пустошинский сельский Совет рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов Подгородней волости Архангельского уезда Архангельской губернии. С 1955 года — Пустошинский сельский Совет Приморского района Архангельской области с центром в деревне Одиночка.