Мечеть Сакина-Ханум была построена в 1854 году вдовой Аббасгулу Бакиханова. Она был воздвигнута в память о ее покойном муже. Мечеть была построена из красного кирпича и похожа на граненый цилиндр. Каждая грань имеет окно в виде полукруглой арки. Верх фасада окружен оригинальными карнизами из небольших кирпичей. Сверху это величественное здание увенчано большим белым металлическим куполом в форме многогранного шлема. Верх купола украшен изящным тонким шипом.
Мечеть Сакина ханум относится к XIX веку. Инициатором строительства мечети была Сакина ханум Бакиханова. Целью строительства данной мечети было увековечить память о своём муже, азербайджанском писателе и историке Аббасгулу Ага Бакиханове. Строительство было завершено в 1854 году. Мечеть выполнена в уникальном архитектурном стиле и отличается от всех других мечетей региона.
План мечети имеет форму граненного цилиндра. Мечеть выстроена из красного кирпича. Высота составляет 27 метров. Крыша мечети и купол покрыты железом и в диаметре составляют 4,5 метра. Верхушка купола украшена изящным тонким шпилем. Интерьер мечети очень изысканный. Внутри имеется один большой зал. В центральной части мечети четыре опорные колонны. В мечети находится восьми-ступенчатый минбар из орехового дерева.
После установления советской власти в Азербайджане в 1920 году началась борьба большевиков с религией. Как и многие другие религиозные учреждения мечеть Сакина ханум перестала функционировать в 30-х годах. В этот период были разрушены прилежащие к мечети здания и медресе, а само здание мечети использовалось как амбар.
После распада Советского Союза и восстановления независимости Азербайджана мечеть Сакина ханум была отремонтирована в 1992 году. Вновь были построены прилежащие к мечети здания и медресе. Медресе начало функционировать с 1994 года.