Основание монастыря было положено в 1886 году Казанским архиепископом Палладием. Все началось с богадельни при Входоиерусалимском храме, построенном ещё в 1754 году на средства царевококшайского купца Алексея Карелина. В 1887 году было решено преобразовать богадельню в женский монастырь. Архиепископ Палладий обратился с ходатайством в Синод. Указом Синода от 28 сентября 1888 года богадельня была преобразована в женский черемисский монастырь с передачей в его владения Входоиерусалимской церкви.
Вскоре эта церковь становится главным сооружением обители, занимавшей целый квартал между современными улицами К. Маркса и Советской, Пушкина и Чернышевского. Монастырские постройки: кельи, хозяйственные корпуса — были деревянными. Несколько зданий сохранилось и сегодня, но они «реконструированы» так, что ничто уже не напоминает о былых монастырских постройках. С трех сторон монастырь был окружен каменной стеной, а со стороны современной улицы Пушкина — деревянной. Главный вход — Святые врата — располагались с северной стороны. Они были решены оригинально: трехарочный проем завершался килевидной закомарой с маленьким барабаном, главкой с перехватом и крестом. Монастырская стена в верхней части была декорирована поребриком и висячими гирьками. В центре возвышался главный храм монастыря — Входо-Иерусалимская церковь. Храм являлся памятником зодчества XVIII века, был выстроен в традициях «восьмерик на четверике» и по своей архитектуре был очень близок к современному Вознесенскому собору Йошкар-Олы. Не исключено, что оба храма строила одна артель зодчих, ибо много общего и в декоративном убранстве наличников, карнизов основного куба храма, да и строились они почти одновременно в 1754 и 1756 годах.
Входоиерусалимская церковь завершалась двухступенчатым барабаном и небольшой главкой, имела обширную трапезную с юга и севера, с запада завершавшуюся восьмигранной двухъярусной колокольней. Её декор повторял декоративное убранство основного храма. Имевшая два яруса звона, колокольня получила оригинальное завершение: восьмигранный барабан завершался шатром, плавно переходящим в круглый барабан с главкой. Этот прием являлся своеобразным синтезом русских архитектурных традиций XVII и XVIII веков.
Интерьер Входоиерусалимской церкви был богат своими реликвиями, церковной утварью. В пятиярусном деревянном иконостасе имелись храмовые иконы Входа Господня в Иерусалим, Явление Богоматери преподобному Сергию Радонежскому в золоченых окладах. Церковь была расписана.
Второй монастырской церковью являлась домовая церковь во имя преподобного Сергия Радонежского Чудотворца, устроенная в восточной части двухэтажного деревянного здания богадельни в 1886 году. На фасаде и крыше здания она была отмечена барабаном и главой.
В 90-е годы XIX века в монастыре были построены деревянные двухэтажные корпуса для келий, просфорной и живописной мастерской (они сохранились до настоящего времени), четыре деревянных одноэтажных дома, где размещались келии, трапезная, кухня, читальня, больница. За стенами монастыря с востока в специальном доме разместилась монастырская школа. Это здание также сохранилось. В школе, по данным на 1904 год, обучалось 49 девочек.
Богородице-Сергиевский женский монастырь был определён как нештатный общежительный монастырь. При основании игуменьей монастыря стала монахиня Чистопольского монастыря Маргарита, с 1900 года настоятельницей состояла игуменья Магдалина, а в последние годы жизни монастыря — игуменья Серафима. По данным на 1904 год, в монастыре находилось 9 монахинь, 35 послушниц 113 белиц. Монастырь имел своё хозяйство, земельную собственность. В Семеновском уезде Нижегородской губернии 700 десятин земли поступили в распоряжение обители по завещанию отставного рядового Ивана Алыбина. Луга в количестве 11 десятин с домом и усадьбой в трех верстах от Царевококшайска за рекой Ошлой получили по завещанию от вдовы губернского секретаря Марии Ульяновой. Имелись также луга (77 десятин) в 50 верстах от города на р. Кокшаге. Казна представила обители лесной участок в 161 десятину в 12 верстах от города.
Монастырское хозяйство процветало. На территории монастыря имелся сад, цветник. По некоторым сведениям в монастыре в начале XX века возникла первая в городе фотомастерская, и для паломников печатались фотооткрытки с видами монастыря.
Революция 1917—1918 годов трагически отразилась на судьбе обители. Уже зимой 1918 года игуменья Серафима и сестры оказались в тяжелом положении. Просьбы игуменьи, обратившейся в советские инстанции сохранить за монастырем источники существования, а в то время в стенах обители находилось 150 человек, игнорировались. Вскоре монастырь был закрыт, имущество и земли конфискованы, монахини выселены из келий, здания монастыря отданы под квартиры и учреждения. В усадьбе за Ошлой доживали свой век изгнанные монахини. Судьба игуменьи Серафимы была трагичной: чтобы спасти монастырскую казну, она выехала в Казань, но по дороге её настигли и убили.
Последний удар по монастырю был нанесен в начале 30-годов, когда взорвали Входоиерусалимскую церковь. Взрыв храма запечатлел фотограф-любитель Александр Степанович Решеткин.
В настоящее время на территории монастыря находятся здание архива и жилые дома.
По улице К. Маркса начинается возрождение Царевококшайского Богородице-Сергиева монастыря, бывшего когда-то духовным центром города. Обитель эта служила не только местом молитвы, но выполняла и социальную миссию. В специально устроенной при монастыре школе воспитывались черемисские девочки. Кроме того, Церковь руками монахинь исполняла служение последнего утешения в старости — ухода за немощными людьми. В этой деятельности и сегодня есть необходимость. Расположится обитель на своем прежнем месте, где сейчас находится бывшее здание Государственного архива Республики Марий Эл.