Во время строительства Санкт-Петербурга указом Петра Первого было запрещено где-либо строить каменные дома: весь подходящий камень и изготавливаемый кирпич отправлялся для строительства Санкт-Петербурга. И лишь тогда, когда этот указ был отменен, города стали возводиться из камня и кирпича, и зодчие в Царевококшайске поставили каменную Троицкую церковь — это был первый каменный храм в городе.
Церковь Пресвятой Троицы Построена в 1736 г. на средства купца Стефана Вишнякова и крестьянина деревни Жуково Алексея Осокина. Приход церкви составляли жители деревень Жуково, Ширяйково, Сидорово, Марково, Кожино, Яметково, Никиткино, Федоскино и несколько домов в самом городе.
По своим архитектурным формам храм был типичным памятником русского зодчества XVII века. Эти формы русской православной канонической традиции XV—XVII веков сохранялись и в XVIII веке несмотря на новые архитектурные веяния. Традиционное пятиглавие луковичной формы на «глухих» барабанах, расставленное широко и свободно, венчало столь же обычное четырёхскатное покрытие, завершавшее основной куб церкви, перекрытый коробовым (общим) сводом. Такие храмы обычно имели одновременно холодную и теплую церкви. На верхнем этаже располагался главный храм во имя Св. Троицы, а на нижнем — во имя святителя Николая Чудотворца. С востока к храму примыкали алтарные полукружия-апсиды, а с запада — трапезная с крыльцом. С северной и западной сторон храм был опоясан открытой галереей-гульбищем. Через галерею-мостик у северо-западного торца церковь была связана с четырёхъярусной восьмигранной колокольней, построенной уже в духе архитектурных традиций XVIII века, но органически связанной с храмом, в том числе декором. На колокольне висело семь колоколов разного веса — от 281 до 1 пуда. Плоскость стен храма оживляли затейливой формы наличники с висячими гирьками, декоративные закомары по карнизу основного куба храма, поясок поребрика. В верхнем храме имелся деревянный четырёхъярусный иконостас, окрашенный белой краской и украшенный золоченной резьбой с 8 деревянными колокольчиками. 64 иконы иконостаса размещались в тонких серебряных, медно-серебряных и медно-золоченых с серебряными венцами ризах. Имелись иконы без риз. В нижнем храме иконостас был двухъярусным. Выделялись иконы Вседержителя, Печерской Божией Матери, Николая Чудотворца. В трапезной верхнего этажа имелись хоругви, образ Божией Матери Троеручицы, а в алтаре — выносной крест и иконы в дорогих ризах — Казанская и другие.
При храме была церковная библиотека, состоявшая в 1915 году из 420 томов.
После революции и гражданской войны для храма и прихода настали трудные времена. В 20-е годы отношения между общиной верующих и городскими властями складывались на договорной основе, но уже в 1932 году комиссия при Мароблисполкоме «нашла некие нарушения» договора со стороны общины. Договор 1922 года с общиной был расторгнут, решено здание передать под музей. Церковь была закрыта, культовое имущество распределено по другим храмам, частично пополнило музейные фонды. Храм долгое время пустовал, а летом 1939 года был разобран до первого этажа.
С 1995 г. производится реконструкция храма, к сожалению, в совершенно иных, не свойственных древнему храму, архитектурных формах. До наших дней сохранилось здание постройки 1749 года, стоявшее возле неё. Это дом, в котором была Новокрещенская школа — самая первая школа Царевокошайска