Кладбища д. Кидебра Суббочинская волость Новоладожского уезда Санкт-Петербургской губернии.
Относилась к приходу Имочены (Яровщина) Церковь Св. Николая Чудотворца
По данным 1933 года деревня Новинка являлась административным центром Новинского сельсовета Оятского района, в который входили 6 населённых пунктов: деревни Вачукинцы, Верхние Суббочиницы, Кидебра, Нижние Суббочиницы, Новинка, Пальгино, общей численностью населения 650 человек.
На карте Санкт-Петербургской губернии Ф. Ф. Шуберта 1834 года на месте современной деревни Кидебра упоминается деревня Три Двора.
КИБЕДРА — деревня принадлежит коллежской советнице Кобылиной, число жителей по ревизии: 9 м. п., 10 ж. п. (1838 год)
КИДЕБРА — деревня коллежского советника Кобылина, по просёлочной дороге, число дворов — 5, число душ — 15 м. п. (1856 год)
КИДЕБРА — деревня казённая и владельческая при реке Ояте, число дворов — 6, число жителей: 19 м. п., 18 ж. п. (1862 год)
В 1868 году временнообязанные крестьяне деревни выкупили свои земельные наделы у В. А. Кобылина и стали собственниками земли.
В конце XIX — начале XX века, деревня административно относилась к Суббочинской волости 3-го стана Новоладожского уезда Санкт-Петербургской губернии.
По данным «Памятной книжки Санкт-Петербургской губернии» за 1905 год деревня Кидебра входила в Новинское сельское общество.
С 1917 по 1922 год деревня входила в состав Новинского сельсовета Суббочинской волости Новоладожского уезда.
С 1922 года, в составе Лодейнопольского уезда.
С февраля 1927 года, в составе Шапшинской волости. С августа 1927 года, в составе Оятского района. В 1927 году население деревни составляло 105 человек.
По данным 1933 года деревня Кидебра входила в состав Новинского сельсовета Оятского района.
С 1960 года, в составе Яровщинского сельсовета.
С 1955 года, в составе Лодейнопольского района.
В 1957 году население деревни составляло 26 человек.
По данным 1966 и 1973 годов деревня Кидебра также входила в состав Яровщинского сельсовета.
По данным 1990 года деревня Кидебра входила в состав Алёховщинского сельсовета.
В 1997 году в деревне Кидебра Алёховщинской волости проживал 1 человек, в 2002 году — также 1 человек (русский).
В 2007, 2010 и 2014 году в деревне Кидебра Алёховщинского СП также проживал 1 человек.