Храм во имя Святых апостолов Петра и Павла в селе Нагаево, Уфимского уезда был построен тщанием прихожан и освещен в 10 декабря 1862 года при Епископе Уфимском и Мензелинском Филарете (Малишевском ), бывшем на кафедре с 1860 по 1869 годы. Церковно — приходское попечительство существовало с 1876 года. Приход относился к 1 — вому благочинническому округу Уфимской епархии.Притч,состоял из священника и псаломщика с казённым жалованием 141руб.12коп. в год. Священник помещался в церковном доме а псаломщик в общественном. Приход состоял из села и 11 деревень с 2094 душами обоего пола ( 1026 муж. 1068 жен.) Чудовищный погром обрушился на Уфимскую епархию в 1919-38гг. Органами советской власти закрывались храмы и изымались церковные ценности. Не был обойден стороной гонителями веры Христианской и храм святых апостолов Петра и Павла в селе Нагаево . В 1930 году приход был закрыт а храм осквернен.Прихожане пытаясь уберечь церковную утварь,книги ,священнические облачения в тайне относили в свои дома и прятали там рискуя собой и своими близкими. Советская власть чудовещно истреблявшая православие организовывала рейды по домам жителей села ,обыски, изымали все церковные принадлежности от этого почти ничего не осталось.В храме был устроен клуб но клубом находился не так долго т.к. людям было неуютно там петь и плясать.В последствии храм был отдан под здание пожарного надзора а затем и вовсе под конюшню.В 31 — 32годы , храм был подозжен злоумышленниками и сгорел до тла. ( Из истории Уфимской Епархии Русской Православной Церкви) В 2002г. директором Совхоза РОССИЯ, села Нагаево стал Иванцов Е.М. Он задался вопросом что за пустырь, который находиться по среди села? Сторожили села поведали о том что на этом месте ранее находился православный храм в честь святых апостолов Петра и Павла.На ближайшем собрании жителей села был поднят вопрос о строительстве нового храма на месте старого. После Иванцов Е.М. получил благословение Архиепископа Уфимского и Стерлитамакского Никона на организацию прихода в селе Нагаево и строительство храма. 25 Марта 2003 года было собрано приходское собрание, на повестке которого было два вопроса : об организации прихода ; выбор членов приходского совета.Первым председателем приходского совета был избран Богданов А.Н. ветеран ВОВ труженник тыла , председатель совета ветеранов территориального отдела , в прошлом учитель географии.Богданов Алексей Николаевич собрал всю разрешительную документацию на строительство храма , до ноября 2004 года собирал деньги на строительство .
21 апреля 2004 года был взят первый ковш грунта на месте возведения нового храма в честь святых апостолов Петра и Павла в селе Нагаево. В ходе земляных работ попадались каменные остатки фундамента старого храма . Жители села разбирали частички фундамента старого храма по домам, сохраняя историческую память о храме и воспоминания давно минувших лет.
По окончанию подготовки места под фундамент нового храма, на дне котлована, директором МУСП Совхоза „Россия” Иванцовым Евгением Михайловичем было собственноручно подготовлено место под закладку закладного камня под основание храма. Закладывали закладной камень в подготовленное место: Завхоз совхоза » Россия » Бедняков Н. П. и участковый инспектор милиции капитан Ковалец . Закладка камня под основание нового храма в честь святых апостолов Петра и Павла была освящена Владыкой Архиепископом Уфимским и Стерлитамакским НИКОНОМ .С 1 ноября 2004 года в село Нагаево был назначен первый настоятель храма священник о. Сергий ( Гречушкин ). Так как храм находился в стадии строительства , по прибытию о. Сергия ( Гречушкина ) на место служения было решено изыскать и организовать временное помещение для совершения Богослужений.Таким помещением стал съемный небольшой деревянный домик по улице Парковой 19. В нём был сделан ремонт , облагорожено и обустроено внутреннее помещение, установлен маленький иконостас с царскими вратами , престол , жертвенник . И 4 декабря 2004 года на двунадесятый праздник Введения во храм Пресвятой Богородицы была отслужена первая Божественная литургия в селе Нагаево . Во временном храме ( домике ) служили , молились два с половиной года и попутно строили новый кирпичный храм всем миром .В праздничные дни совершались крестные ходы в строющийся храм и вокруг него, а затем обратно в маленький временный деревянный храм (домик). Во время празднования престольного праздника, святых Первоверховных апостолов Петра и Павла , 12 Июля ( 29 июнь ст.ст. ) в строющемся храме под открытым небом служились водосвятные молебны . Настоятелем о. Сергием освещались кирпичи и всё строительство . Помощь и Благодать Божия непристанно прибывала в ходе строительства . Со многими трудностями как то , перебои со стройматериалом , нехваткой рабочей силы , нехваткой финансов приходилось сталкиваться в строительстве . Но по молитвам отца Сергия и прихожан , Господь посылал нужных людей , которые оказывали благотворительную помощь в возведении храма. Чудом (по воспоминаниям отца Сергия) за продолжительное и низходящее с места время, проблемы отсутствия кирпича, на середине строительства, во время освящения воды на престольный праздник в строющемся храме , неожиданно для всех, приехали большие многотонные грузовые машины самосвалы с прицепами груженные кирпичём . И стоящие на молебне люди услышали сильный грохот . Это были кирпичи, высыпавшиеся из кузовов грузовых машин вокруг храма. Кирпичей хватило до окончания строительства.В 2006 году съемный домик который служил храмом был продан хозяевами и был дан срок в одну неделю на выселение. После воскресного Богослужения , по окончанию Божественной литургии, шёл сильный дождь. Каждый кто присутствовал , взял кто что мог и понесли в недостроенный храм.Вскоре домик который служил всем храмом был снесён . А в строющемся храме по воскресным и праздничным дням совершались Богослужения в будние же дни ; штукатурили, шпатлевали,заливали полы , красили , белили и т.д.Трудами благотворителя Алябьева Виктора и директора артели „Уфимский Иконостас” Молева Д.Д, к празднованию Рождества Христова в 2007 году в храме был установлен иконостас.По сей день в нашем храме остаются те первые немногочисленные верные прихожане, во славу Божию разделявшие тяготное бремя строительства и созидания прихода, под чутким отеческим окормлением и наставлением настоятеля отца Сергия ( Гречушкина ).