На территории нынешнего села Малышево в середине XIX века находились три населённых пункта: деревни Малышево и Самгина и погост Плесец. Наиболее старым, известным с середины XVI столетия является село (погост) Плесец. Царь Иван Грозный в 1561 году передал эту вотчину нижегородскому Печерскому Вознесенскому монастырю. Позднейшие документы подтверждают принадлежность Плесца нижегородской обители, в вотчине которой село находилось до 1764 года.
Описные книги Владимирского уезда Боголюбского стана 1621 года описывали деревянный храм с престолом во имя «Великого чудотворца Николы». Позднее в селе появилась ещё одна деревянная церковь — во второй половине XVII века, кроме уже бывшего к тому времени холодного Никольского храма, в Плесце выстроили тёплую церковь в честь Казанской иконы Божией Матери об одной главе. Крыша храма была тесовая, а стены утеплены мхом. Никольская же церковь настолько обветшала, что в 1698 году прихожанами построена новая деревянная с прежним наименованием. Полуразрушенная старая церковь в честь чудотворца Николая так и осталась стоять, постепенно разрушаясь. К концу XVIII века в Плесце было задумано выстроить каменную церковь. К тому времени в ковровском крае уже стояли или строились около 20 каменных храмов — совсем немного среди общего числа церквей. Было получено разрешение на возведение от епархиального начальства, в 1791 году был заложен первый кирпич, а в 1798 году каменный храм с холодной церковью, тёплым приделом и оградой был построен. Шатровую колокольню увенчала маленькая маковка, а на холодной церкви их было пять. Навес паперти, примыкающей к колокольне, удерживали два массивных каменных столба. Главный престол новой церкви освятили в честь Казанской иконы Божией Матери. Приделы освятили в честь святых апостолов Петра и Павла и в память о первой сельской церкви — в честь святителя и чудотворца Николая.
В конце XIX — начале XX века деревня Малышево являлось центром Малышевской волости Ковровского уезда.
При советской власти церковь в честь Казанской иконы Божией Матери после откровенного грабежа закрыли, следуя постановлению Ивановского облисполкома от 5 марта 1940 года. В холодной церкви и просторном приделе разместился склад. Потом церковь забросили.