В 1643 году в Ильинском по указу патриарха Иосифа была построена новая деревянная церковь с двумя престолами: в честь Святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова и Святого пророка Илии. Постройкой заведовал архимандрит Юрьевского Архангельского монастыря Дионисий. В новопостроенный храм патриарх Иосиф пожертвовал «и образы, и книги, и колокола и всякое церковное строение». В 1643 году причт церковный составляли «поп Савелий Семенов, дьячок Абрамко Васильев и пономарь Стенько Пименов». Под 1669 году в окладных книгах записано: «В с. Ильинском церковь Святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова и святого пророка Илии, во дворе поп Савва с детьми Сенкою, Олешкою, Савкою, тяглых крестьянских 48 дворов, бобыльских 4 двора. После упразднения патриаршества село поступило в ведомство Синодального приказа. В 1792 году вместо ветхой деревянной церкви прихожане на свои средства поставили каменную с престолами в честь тех же святых (Апостола и евангелиста Иоанна Богослова и Пророка Божия Илии). При церкви каменная колокольня и ограда. В 1868 году в главном храме поставлен новый резной позолоченный иконостас, стены расписаны священными картинами. В 1873 году в Ильинском приделе также поставлен новый иконостас и вызолочен в 1876 году. В селе была земская народная школа.
В советское время храм закрыт и разграблен. Сломана ограда.