Надвратная церковь Вознесения Господня поставлена над Святыми воротами — главным въездом в монастырь со стороны древней дороги на Архангельск, Кириллов и Белозерск. Церковь с воротами и прилежащими участками северо-западной стены — древнейшая часть монастырской ограды, выстроенная в конце XVI века, вскоре после Спасского собора, когда остальные стены с башнями были деревянными. Позднее церковь и Святые ворота оказались включёнными в кольцо стен XVII века. Святые ворота имеют 2 арочных проёма: большой — для проездов и малый — для путников. Большой проезд оформлен перспективным порталом, над которым ещё в начале XX века находилась фреска (сейчас об этом напоминает металлический голубец над большим проездом).
Первоначально (в 1590 году) церковь была освящена во имя святого великомученика Феодора Стратилата, покровителя православного воинства, как бы охраняющего вход в обитель, и называлась так до XIX века. Существует предположение, что она была освящена в честь ангела царя Фёдора Иоанновича, сына Ивана IV, вступившего на престол в 1584 году, и, возможно, каким-то образом способствовавшего строительству в Спасо-Прилуцком монастыре. В XVIII и начале XIX века вследствие пожаров церковь сильно пострадала и находилась в таком состоянии до 1815 года, когда и была переосвящена во имя Вознесения Господня и подверглась ряду переделок, последние и «очень неудачные» (по характеристике искусствоведаГ. К. Лукомского) — 1875 года[19]. Реставрации 1990-х годов вернули церкви предполагаемый первоначальный вид