Известна с XV века, когда князь Семён Дмитриевич сделал Кубенское своей резиденцией и основал этот храм в качестве соборного. После присоединения к Московскому княжеству собор был низведён до положения приходской церкви. В этом храме находилась икона Божей Матери «Неопалимая Купина». Она была принесена в село из Вологдыпо случаю бывшей в это время в Кубенском моровой язвы. Священником в этой церкви в начале XIX века был Степан Жиряев — отец учёного-криминолога А. С. Жиряева. В советское время церковь была закрыта. Сейчас здесь расположена библиотека.