Свято-Никольский собор (бывшая кирха Юдиттен) считается самой древней постройкой в городе Калининграде, сохранившейся до наших дней. Среди историков нет единого мнения ни о времени постройки кирхи, ни о происхождении названия «Юдиттен», но датой основания кирхи принято считать 1288 год.
Кирха построена Тевтонским орденом в стиле раннегерманской готики, поэтому имеет простые формы и практически лишена декора. Кирха одновременно выполняла функцию крепости, о чем говорят мощные каменные стены с окнами бойницами и тайным ходом. Уже позднее к ней была пристроена звонница, а в 1394 году алтарь и триумфальная арка украшены фресками. Яркими красками были изображены Иисус Христос, Пресвятая Богородица, апостолы, пророки, картина «Страшный суд», рыцарская геральдика и др.
Главной ценностью кирхи Юдиттен была чудотворная скульптура «Мадонна с Младенцем на полумесяце». Выполненная из дерева, но по художественной выразительности не имевшая себе равных в Пруссии, — она считалась шедевром пластики XV в. По преданию, скульптура всегда была тёплой, ей приписывали всяческие чудеса и исцеления. И это веками приводило в Юдиттен толпы паломников.
При штурме Кёнигсберга храм существенно не пострадал. После войны здание пустовало и разрушалось. К началу 1980-х годов, когда кирха была передана православной церкви для восстановления. Церковь была освящена во имя Святителя Николая, а уже в 1988 году здесь была проведена первая православная служба. Церковный хор Свято-Никольского собора считается лучшим в Калининграде.
В настоящее время церковь является храмом действующего подворья женского монастыря в честь иконы Божией Матери «Державная».