Строительство новой кирхи в Нибудшене было начато в 1691 году. С 1693 года еще недостроенная полностью кирха с отдельно стоящей башней у южной стены начала действовать. В 1696 году шпиль кирхи был покрыт позолотой, в 1697 году был построен алтарь, в 1698 году на башне кирхи установили часы, в 1702 году установлен орган, в 1711 году на башне кирхи установлен колокол.
Постановлением Правительства Калининградской области от 23 марта 2007 года № 132 кирха получила статус объекта культурного наследия регионального значения.
Около 22 часов 28 июля 2011 года в кирхе произошел пожар, в результате которого полностью выгорела крыша.