Строительство первой кирхи в Ишдаггене началось в 1630 году. В 1737 году кирха, сгоревшая от попадания молнии, была перестроена в камне. Восточная часть кирхи имееет овальную форму.
В послевоенные годы часть окон в кирхе были заложены кирпичом, главный вход расширен, здание использовалась в качестве склада.
Постановлением Правительства Калининградской области от 23 марта 2007 года № 132 кирха получила статус объекта культурного наследия местного (муниципального) значения.
В конце 1990-х годов здание кирхи находилось еще в более-менее удовлетворительном состоянии: была шиферная крыша, имелись окна, на июль 2012 года сохранились остовы стен.