Первая деревянная церковь в Шиллене была построена около 1629 года, через 9 лет она сгорела от удара молнии. После этого была сооружена фахверковая церковь, которая в 1698 году обрушилась во время богуслужения.
В 1701 году в Шиллене была возведена новая кирха из валунов и кирпича с башней высотой 44 м. На ее торжественном освящении присутствовал незадолго до этого коронованный Фридрих I. В 1818 году в результате сильнейшего урагана у кирхи был повреждён неф, после чего, в 1819-1827 годах, шло ее восстановление, был возведён новый купол.
В 1924 году около кирхи был установлен памятник воинам, павшим в годы Первой мировой войны.
Во время январских боев 1945 года кирха не пострадала. В послевоенные годы использовалась в качестве амбара. В 1965 году обвалился купол, в 1983 году в здании произошел пожар, в результате которого обрушилась крыша. На 2012 год от кирхи сохранились остовы стен, заросшие изнутри кустаником.
Постановлением Правительства Калининградской области от 23 марта 2007 года № 132 кирха получила статус объекта культурного наследия местного (муниципального) значения.