В 1565 году в Пиллупёнене была построена первая церковь. В 1686 году была построена новая башня, фундамент которой сохранился до настоящего времени.
В 1778 году в Пиллупёнене было возведено новое здание кирхи на фундаменте старой церкви. Кирха построена из валунов, имела трехстороннее завершение, ризницу с востока и притвор с юга. С западной стороны на основании 1686 года была возведена башня, верхняя часть построена из кирпича в 1777-1778 годах. Общее завершение строительста датировано 1816 годом. Кирха имела плоские потолки из досок. Алтарь 1700 года, кафедра 1670 года, в 1780 году был установлен орган.
В ходе боевых действий Первой мировой войны кирха получила повреждения, но вскоре была восстановлена. Во время Второй мировой войны кирха не пострадала. В послевоенные годы крыши кирхи, притвора и ризницы были перекрыты шифером, после чего здание стало использоваться в качестве склада. В 1994 году кирха была отремонтирована на средства бывших жителей Пиллупёнена. Ныне в здании бывшей кирхи размещается православный храм Святого Михаила Архангела.
Постановлением Правительства Калининградской области от 23 марта 2007 года № 132 кирха получила статус объекта культурного наследия местного (муниципального) значения.