Первая кирпичная кирха на фундаменте из валунов с башней была построена в Зоденене в первой половине XV века. Кафедра с деревянной облицовкой была изготовлена в 1688 году кёнигсбергским мастером Фрезером. В 1913 году кирха была отремонтирована. В 1934 году была построена новая кирха по проекту архитекторов фон Франшвилля из Инстербурга и Детлефсена из Кёнигсберга.
В ходе боевых действий Второй мировой войны кирха практически не пострадала. В послевоенные годы использовалась в качестве складского помещения. В 1980-х годах кирха была перестроена, башня снесена до уровня конька основного здания, после чего в бывшей кирхе разместилась столовая, позднее - цех. В середине 2000-х годов здание кирхи стало восстанавливаться в качестве культового сооружения. На сентябрь 2013 года здание кирхи снесено, подвалы раскопаны, видны следы пожара.