Первое фахверковая церковь в Даркемене было построено в 1615 году. В 1752 году здание было снесено из-за ветхости, а на его месте было построена новая кирха, освященная 15 сентября 1754 года. Эта кирха была снесена в 1836 году, после чего началось строительство новой.
Новое кирпичное здание кирхи в Даркемене с невысокой башней и небольшой алтарной нишей было освящено 9 сентября 1842 года. В кирхе был установлен орган, привезенный из Тракхаймской кирхи Кёнигсберга. В 1892 году была произведена реконструкция кирхи, с западной стороны надстроена высокая башня, на которой были установлены трехцеферблатные часы работы мастера Л. Розе.
В ходе боев 1945 года кирха не пострадала. В послевоенные годы здание кирхи не использовалось, было обнесено забором. Из-за отсутствия ухода и ремонтов в 1994 году обрушилась крыша.
Постановлением Правительства Калининградской области от 23 марта 2007 года № 132 кирха получила статус объекта культурного наследия регионального значения.
На июнь 2012 года сохранились стены кирхи и башня с покосившимся шпилем, окна частично заколочены досками, частично - заложены кирпичом, внутреннее пространство кирхи заросло травой и кустарником.
На ноябрь 2015 года шпиль на башне кирхи отсутствует.