Кирха в Меляукене была торжественно открыта 25 октября 1846 года. Кирха строилась в 1845-1846 годах архитектором Августом Штюлером. Кирха Меляукена явилась прототипом для строительства Фриденкирхи в Постдаме.
В послевоенные годы в кирхе размещался школьный спортивный зал. В настоящее время здание кирхи передано Русской Православной церкви.
Постановлением Правительства Калининградской области от 23 марта 2007 года № 132 кирха получила статус объекта культурного наследия регионального значения.
Ранней весной 2012 года обрушилась крыша, а 21 мая в кирхе произошел пожар, сгорели деревянные перекрытия. Состояние кирхи, без того оставлявшее желать лучшего, стало катострофическим.