Первая кирха в Рудау впервые упоминалась в документах в 1354 году. В конце XVI века на нынешнем месте над склоном пруда в результате перестройки флигеля замка Рудау была построена вторая кирха.
В 1615 году в кирхе произошло «кровяное чудо»: во время причастия снизу чаши для причастий в вино начала поступать наполнившая чашу жидкость, похожая на кровь, а затем вино вновь стало прозрачным. Платок священника с пятнами этой жидкости позже хранился в Берлине.
Кирха неоднократно перестраивалась, последний раз в 1820-1824 годах, после того, как в январе 1818 года она была разрушена ураганом. При ремонте были обнаруженные глубокие подвалы, оставшиеся от замка, которые были засыпаны песком. В 1903 году были обновлены росписи стен, цветные витражи. У кирхи в это время были бронзовый и два стальных колокола, в 1906 году был смонтирован новый орган.
В результате боев 1945 года кирха не пострадала. В послевоенные годы здание кирхи приспособили под зерносушилку, но отсутствие ремонта и ухода привело к разрушению черепичного покрытия, после чего здание было заброшено. В начале XXI века остались стены кирхи, которые продолжают разрушаться. В центре кирхи установлен деревянный православный крест.
Постановлением Правительства Калининградской области от 23 марта 2007 года № 132 кирха получила статус объекта культурного наследия регионального значения.