Находится в 1 км к северу от центра Немдинской сельской администрации, деревни Немда-Обалыш, на левом берегу реки Немда.
Раньше между деревнями Немда-Обалыш и Черной Грязью были непроходимые леса и болота. Черная Грязь находится в низине, поэтому весной, в половодье, вода доходит до деревни, иногда подтопляет некоторые дома.Отсюда и пошло название деревни.
В ревизских сказках за 1811 год говорится, что в починке при Черной Грязи поселился в 1810 году Семен Константинович Егошин из починка Орья. Впоследствии потомков Семена и то крыло деревни, где они жили, называли Семеновы, а потомков Ильи — Ильюшата, Ильюшеики.
В 1811 году в поселении было уже 2 дома и жили ясачные крестьяне — 2 человека. В 1850 году в починке проживали православные русские — 22 мужчины и 27 женщин.
В 1884 году деревня Черная Грязь входила в Кужнурскую волость Уржумского уезда Вятской губернии, насчитывался 21 двор. Излишки продуктов — мясо, огурцы, помидоры — вывозили продавать в города Кукарка, Уржум, Яранск и даже в Казань.
Жители разводили диковинные цветы. Из Сибири привезли и посадили кедры. Были посажены аллеи лип, тополей.
В 1898 году в деревне Черная Грязь открыли земскую школу. В 1936-1937 годах Черногрязинскую школу перевели в типовое новое здание в деревню Немда-Обалыш. В 1905 году деревня Черная Грязь (Семеновы) состояла из 27 дворов, в которых проживали 234 человека.
До революции в селении имелось 2 маслобойных завода. Они принадлежали Г.М. Егошину и Т.М. Егошину. A.M. Егошин держал и шерстобойку. У П.И. Егошина была кузница. В 2 хозяйствах пекли сушки и продавали их в селах Торъял, Кичма, Никулята. В доме родителей Л.Н. Егошина шили фуфайки. Н.С. Егошин занимался торговлей.
В деревне работали 2 магазина. Жители селения арендовали землю в деревне Изаньга, лен сеяли даже в деревне Укташ. Проблем с мукой у населения не было, поскольку в деревне имелась мельница.
В 1920 году с образованием Марийской автономной области селение вошло в состав Сернурского кантона. В 1925 году здесь проживали 202 человека.
В июне 1931 года организовали колхоз "Просвет". Маслобойка, шерстобойка, магазины, кузница, мельница были обобществлены.
В 1939 году в деревне насчитывалось 172 жителя.
В годы Великой Отечественной войны на фронт призвали 52 человека, вернулись 19. Колхозники помогали фронту мясом, шерстью, собрали 800 рублей на строительство танковой колонны.
В 1950 году колхоз "Просвет" вошел в состав колхоза имени Кирова, а затем — в колхоз "Немдинский".
В 1959 году селение электрифицировали.
В 1969 году началось строительство дома культуры.
На 1988 год в деревне Черная Грязь числилось 108 жителей, 41 дом, из них 6 пустующих. Работали магазин, столовая на 20 мест, медпункт. Имелись производственные постройки: машинный двор на 40 единиц, зерноток на 500 тонн, молочнотоварная ферма на 200 голов. Газифицировано 17 домов.
От деревни Черная Грязь до центра сельсовета, деревни Немда-Обалыш, проложена асфальтированная дорога. Через реку построен железобетонный мост.
На 2002 год в деревне Черная Грязь числилось 40 хозяйств, 105 жителей.