Кладбища д. Верхний Кугунер Кужнурская волость Уржумского уезда Вятской губернии.
Упоминается в Список населённых пунктов Кужнурской волости Уржумского уезда согласно Списка населенных мест Вятской губернии 1905 г.
Относилась к приходу Вознесенская церковь Новый Торъял д. Новоторъяльская волость Уржумского уезда Вятской губернии.
В 1966 году деревни Верхний Кугенер и Короткий Ключ объединили под названием Верхняя Кугенерка.