В 1675 году, в заимке Средней селенгинских казаков нерчинскими служилыми людьми были построены Никольская церковь и монастырское строение.
9 мая 1685 года церковь освятили..
В 1797 году на месте Никольского храма построили новую деревянную церковь во имя апостолов Петра и Павла (Петропавловская). Ремонтировали в 1895 году.
Позже (1900-1905) на этом месте возвели каменную церковь, получившую свое первоначальное имя — Никольская.
Никольская церковь входит в состав архитектурного ансамбля Селенгинского Троицкого монастыря.
В настоящее время ведутся реставрационные работы.