Атаман Чепига и судья Головатый с первых шагов самостоятельного существования Войска на Кубани приложили все усилия к тому, чтобы организовать свое казачье духовенство и построить церкви. Войсковое правительство обратилось в Святейший Синод (1794 г.) и в ярких красках изобразило беспомощность населения в его религиозных нуждах: “На острове Фанагории возник целый ряд селений по тысячи душ в каждом, но за отсутствием церквей и священников, многие умирают без исповеди и причастия, а младенцы без крещения, и гробы их остаются не запечатанными; остающиеся же в живых младенцы ждут крещения по семи месяцев. Народ лишен храмов и богослужения, престарелые жители не могут жизнь свою закончить так, как они желали бы по своей набожности...” В заключении Войско просило дать разрешение на постройку церквей и рукополагать к ним священников из достойных людей в казачестве.
В ответ на эту просьбу Синод постановил причислить Черноморию к Феодосийской епархии и дал общие указания об устройстве церквей и организации духовенства, сводившиеся к следующим условиям. Возводить в священники позволялось лиц, не обязанных воинской службой, православных по вере и надлежаще подготовленных для служения в храмах. Согласно просьбе казаков, разрешалось посвятить “на первый раз без излишества”, сколько потребуется в священники и одного в дьяконы. Таким образом, Войсковое правительство добилось того, чего желало. Оно не препятствовало уходу из военных рядов тех из грамотных казаков, которые имели желание принять духовный сан. В среде казаков также было не мало лиц, которых “духовная служба” манила своим почетным положением и спокойствием. Создались и упрочились известные отношения между властями и населением, выработались обычаи создания духовенства из своей среды, напоминавшие порядки времен первого христианства. В основу этих обычаев было положено выборное начало, а избирателями были миряне, составлявшие приход. Обыкновенно по куреням казаки выбирали священнослужителей, давали им одобрительные приговоры и посылали этих кандидатов к владыке для посвящения. Казачество чутко относилось к делам собственной казачьей церкви и давало одобрительные приговоры на поступление в духовное звание только своим жителям, которых очень хорошо знало.
Но если в устройстве церквей по куреням и в избрании к ним священников особенно сильно было заинтересовано рядовое казачество, разбросанное по разным местам населенного края, то “излюбленным” делом Войскового правительства и старшины была постройка Войскового собора в Екатеринодаре. Собор предполагалось построить по образу существовавшего в Запорожском Коше храма, но в более громадных размерах. Черноморцы хотели разом и людей удивить, и старину помянуть. Войсковой собор действительно стал достопримечательностью Екатеринодара, потому как построенный из привезенного с самой Волги леса обошелся дороже построенного из обожженного кирпича. Ф. Щербина долго недоумевал, почему же в таком случае его сразу не стали строить каменным?
Следующими за черноморцами засельщиками Кубанской области явились донские казаки. В конце 1791 года, до заключения в Яссах мирного договора с султанской Турцией, главнокомандующему русскими войсками на Кавказе и Кубани Гудовичу, сменившему Суворова, предложено было высказать свои соображения об укреплении Кавказской линии на всем протяжении от Каспийского до Черного морей - России необходим был твердый оплот против своих беспокойных соседей. Помимо естественного усиления линии новыми крепостями, редутами, кордонами и другими военными укреплениями, Гудович предложил создать новую линию из 12 казачьих станиц. Высочайшим повелением область эту решено было заселить донскими казаками, которые, кстати, этого отнюдь не желали. Между тем российское правительство, недавно разрушив Запорожскую Сечь и подавив восстание Е. Пугачева, стало привыкать к решительным действиям против казачества, считающегося весьма беспокойным государственным элементом, и уже не считалось с его интересами. Обыкновенно казаки переселялись на новые места добровольно - с согласия всего Войска формировались целые отряды охотников, пополнявших старые Войска и формировавших новые. Именно эти порядки были нарушены.