При каждом военном заведении должны были быть церковь, музей и библиотека. Юнкерский храм Преподобного Сергия Радонежского располагался в центральной части второго и третьего этажей Главного корпуса. Вход к месту богослужения осуществлялся с парадного подъезда через вестибюль первого этажа по трехмаршевой лестнице. Высота двухярусного храма составляла 12 метров. За иконостасом находилось большое витражное окно в два этажа. Сверху находилась колокольня с четырьмя большими и восемью малыми арками. Выше находилась колокольня, которую венчал восьмигранный шпиль, покрытый красной медью. За время после революции храм использовался и как спортивный зал, и как морской полигон, и как музей училища.