Походная (при полку) церковь существовала с 1796 года. В Селенгинске, в верхней части города была построена (впоследствии уничтожена пожаром) «Свято-Троицкая Селенгинскаго мушкетерскаго полка церковь».
С 1875 года полковая церковь располагалась в бывшем сеймовом зале в замке, принадлежащем когда-то князьям Любомирским, в городе Дубно Волынской губернии.