Духовский корпус, связывающий Троицкий собор с Благовещенской церковью, был построен по проекту Д. Трезини в чисто барочном стиле. 23 мая 1820 в нем митрополитом Михаилом была заложена домовая церковь, автором которой является лаврский архитектор В. П. Петров. Чтобы разместить храм, он пристроил с востока алтарь, а с запада – паперть. Освящение нового храма 18 мая 1822 произвел митрополит Серафим.
Высокий, до потолка, трехъярусный ампирный иконостас вырезали мастера Ж. Б. Нашон и К. Шейбе, образа написал акад. Д. И. Антонелли, заалтарное „Преображение“ – А. В. Шевелкин, изображения евангелистов – М. X. Набоков, лепные работы выполнил Н. Зорин.
По окончании строительства Духовского храма на его хорах 18 июня 1822 был освящен небольшой придел прп. Сергия Радонежского, полуциркульный иконостас для которого происходил из домовой церкви генеральши П. Н. Фредро (урожд. Головиной) (см. упраздненную церковь РОЖДЕСТВА ХРИСТОВА в доме кн. П. И. Голицыной). По другим сведениям, образа в нем написал тот же М. Х. Набоков. Местную икону подарил гр. С. П. Потемкин.
В 1867 церковь отремонтирована и украшена росписью Р. Ф. Виноградова, а в следующем году расширена пристройкой для семейного склепа гр. Н. В. Левашова, столичного губернатора.
В 1894–1895 справа от алтаря, над склепом семьи Галуновых, был пристроен маленький придел прпмц. Евдокии, освященный 12 марта 1895 митрополитом Палладием. Небольшой одноярусный иконостас был исполнен в русском стиле.
В церкви, еще до ее освящения, в 1820–1821 произвели несколько погребений, в том числе ее основателя – митрополита Михаила. Усыпальница использовалась вплоть до начала XX века. Всего в ней было 172 могилы, в том числе захоронения нескольких петербургских митрополитов, а также кн. Е. И. Кутузовой-Смоленской, вдовы полководца, гр. М. А. Милорадовича, канцлера кн. В. Л. Кочубея, гр. А. Г. Кушелева-Безбородко, кн. Е. И. Голицыной („Ночная княгиня“), гр. Н. К. Загряжской („Пиковая дама“), кн. Г. С. Волконского. 19 сентября 1891 в этом храме отпевали И. А. Гончарова.
У левого клироса Духовской церкви находилась икона с частицей мощей вмч. Пантелеимона.
До своего закрытия, особенно в 1920-е, храм играл большую роль в православной жизни города.
В лавре эта церковь была закрыта последней – в середине января 1936, и сразу началось разрушение ее интерьера и осквернение могил. Ценные иконы были перенесены в Троицкий собор; в помещении разместилась котельная. Большинство надгробий было уничтожено.
В 1949 Духовский корпус возвращен епархии, в 1950 в покоях митрополита была освящена его домовая церковь св. Александра Невского, закрытая в 1961, когда корпус был снова отнят властями. В 2001 его вернули лавре.
Историю лавры и библиографию см. в статье АЛЕКСАНДРО-НЕВСКАЯ СВЯТО-ТРОИЦКАЯ ЛАВРА.
Кобак Александр Валерьевич
Антонов Виктор Васильевич
Антонелли Дмитрий Иванович
Виноградов Роман Федорович
Зорин Николай
Михаил (Десницкий), митрополит
Набоков Марк Харлампиевич
Нашон Ж. Б.
Палладий (Павел Иванович Раев-Писарев), митрополит
Петров Василий Петрович
Серафим (Стефан Васильевич Глаголевский), митрополит
Трезини Доменико
Шевелкин Александр Васильевич
Шейбе К.